ITK Release 4.10 ================ New Features ------------------------------------------------------------------------ - Wrapping improvements - - ITK\_USE\_64BITS\_IDS supported on Windows - Faster builds (CastXML calls and build targets reduced by half) - Faster runtime loading and smaller binary size due to hidden symbol visibility - Wrapping with BUILD\_SHARED\_LIBS disabled is supported - Do not link to libpython when possible - Filter types do not need to be specified when “Input=inputImage” is specified in the constructor - Improved wrapping class coverage - Visual Studio 2015 Update 2 Supported - GCC 6.1 supported - New Remote Module - TwoProjectionRegistration - 2D-3D registration designed for radiotherapy - - Core Improvements - Data and build tool downloads now over HTTPS - Extended constexpr usage with ITK\_CONSTEXPR and ITKCONSTEXPR\_FUNC macros - ITK\_USE\_64BITS\_IDS, required to process 4GB+ images on Windows, now enabled by default - VNL updated and modernized - CMake configuration major modernization - vcl has been removed in favor of the standard libraries - vnl\_math\_ function avoided in favor of std:: and itk::Math - VNL had suppressed integer data conversion warnings on Visual Studio (C4257); this suppression has been removed and all warnings addressed - Various improvements for building a module externally against an ITK build tree - CMAKE\_POSITION\_INDEPENDENT\_CODE is enabled by default - Improved EXERCISE\_BASIC\_OBJECT\_METHODS testing macro - Filtering Improvements - RGB pixel support added to itk::ImageToVTKImageFilter - itk::Box\* filters moved out of the Review module - itk::GaussianDerivativeOperator moved out of the Review module - MaskLabel is deprecated in N4BiasFieldCorrectionFilter in favor any non-zero pixel - Registration Improvements - Fixed and moving masks added to the v4 registration methods - Documentation Improvements - Updates to the Software Guide, Doxygen, Wiki and Sphinx Examples - New examples on to convert between ITK and VTK - New example on how to perform vector image registration - The ITK Software Guide describes how to add a third-party dependency to a module - Third Party Library Updates - pygccxml updated to v1.7.3 - GDCM updated to the release branch latest - VNL updated to latest upstream - MINC updated to the latest upstream - SWIG updated to v3.0.8 - PCRE update to v8.38 Changes from v4.10rc02..v4.10.0 ------------------------------------------------------------------------ Bradley Lowekamp (3): `     COMP: Address uninitialized warning of size`\ `     COMP: Devirtualize private methods to prevent instantiation`\ `     COMP: Use well defined ZeroValue for unused initial value.` Hans Johnson (1): `     BUG: try_compile needs to have CMAKE_CXX_STANDARD passed` Hyun Jae Kang (1): `     COMP: Fix unexpected data-cast results of itkCastImageFilter` Jon Haitz Legarreta (1): `     BUG: Fix OpenCV-2.4.9 camera empty image issue.` Matthew McCormick (13): `     COMP: Bump CastXML for GCC 6.1 support.`\ `     STYLE: Improvements to HardConnectedComponentsImageFilter.`\ `     ENH: Add baseline for itkHardConnectedComponentImageFilterTest.`\ `     STYLE: Improvements for itkHardConnectedComponentImageFilterTest`\ `     COMP: HardConnectedComponentImageFilter autological constant out of range`\ `     DOC: Sphinx examples update to 2016-05-22.`\ `     DOC: Wiki examples update to 2016-05-22.`\ `     COMP: MSVC result of 32-bit shift implicitly converted to 64 bits`\ `     BUG: Disable building the netlib example.`\ `     ENH: Add FloatAddULP`\ `     BUG: Decrement index in BSplineTransform by ULPs.`\ `     BUG: Adjust index decrement in BSplineTransform`\ `     BUG: Remove VNL README left over from subtree merge.` Sumedha Singla (1): `     ENH: WhatModulesITK was not finding modules on Windows` Changes from v4.10rc01..v4.10rc02 ------------------------------------------------------------------------ Davis Vigneault (1): `     BUG: Improve error checking and testing for ConnectedRegionsMesh` Hyun Jae Kang (2): `     BUG: Address the issue of `“`Missing`` ``Delete`”` within SwapZeroCornerToIRP.`\ `     COMP: Fixed Mac OSX wrapping configuration warning` Matthew McCormick (6): `     BUG: The ImageFileReader internal pipeline methods should be protected.`\ `     BUG: Use new VNL include directory variables.`\ `     COMP: Add missing NeighborhoodAccessor methods to PhasedArray3D image.`\ `     BUG: Adjust itk.org ExternalData URL.`\ `     COMP: Do not use target_include_directories with CMake 2.8.11.2.`\ `     BUG: Address missing shared_ptr for VS9` Changes from v4.9.0..v4.10rc01 ------------------------------------------------------------------------ Alvaro Sanchez (1): `     STYLE: moved itkKappaSigmaThresholdImageFilter/Calculator from Nonunit/Review` Andrey Fedorov (2): `     BUG: Add missing itk_expat_mangle.h install target`\ `     BUG: fix typo in file name` Bill Hoffman (2): `     COMP: fix shared build on Windows when Review is on.`\ `     COMP: work around for VS 2015 optimizer bug causing test failures.` Bill Lorensen (6): `     ENH: Bump version for style fixups.`\ `     ENH: Bump wiki examples version, new remote module process`\ `     ENH: Bump wiki examples version, new remote module process`\ `     STYLE: SuperClass should be Superclass`\ `     COMP: Resolve clang linkage issue`\ `     BUG: Valgrind detected an invalid read` Bradley Lowekamp (21): `     BUG: Compilation problem with GCC 4.1 and explicit instantiation`\ `     ENH: Update Insight Journal handle links to https`\ `     ENH: Adding const qualifier to results`\ `     BUG: Adding missing const qualifier for GetConfusionMatrix method`\ `     BUG: Use Set/GetMacros, fix const correctness and PrintSelf.`\ `     ENH: added inlined Zero and one values for integer NumericTraits`\ `     ENH: Use constexpr for floating point NumericTraits`\ `     ENH: Make NumericTraits functions constexpr for intrinsic`\ `     BUG: Add definition of static constexpr NumericTrait members`\ `     BUG: Declared static constexpr members need to be defined as constexpr`\ `     ENH: ITK_CONSTEXPR_FUNC implies inline`\ `     BUG: Addressing VS10 and VS11 NumericTraits linkage issue`\ `     BUG: Use LargestPossible region for BSpline domain`\ `     BUG: Remove errant file`\ `     COMP: Address warning about this usage in initializer list`\ `     ENH: Prefer ZeroValue function over variable`\ `     STYLE: Use consistent path for try_compiles binary directory`\ `     BUG: Don't use `“`=`”` in cmake variable name`\ `     ENH: Test address of NumericTraits One and Zero constexpr`\ `     ENH: Use ITK_USE_64BITS_IDS for windows 64 by default`\ `     ENH: Enable run-time dependency on Python library` Davis Vigneault (4): `     ENH: Update itkFileTools to allow std::string arguments.`\ `     ENH: Add Floored and Truncated Modulus to VNL`\ `     ENH: Add Ternary Operator Image Filter`\ `     STYLE: Prefer static cast` Dženan Zukić (1): `     ENH: CovariantVector's Normalize returns the norm.` Francois Budin (6): `     PERF: Simplify itkTemplate New() input type identification.`\ `     ENH: Avoid template type specification for image reader in Python wrapping`\ `     BUG: Missing IOPixelType strings in ImageIOBase`\ `     BUG: Wrapping intermediate files were not automatically updated`\ `     ENH: Reduce number of dependencies for XML files generated for wrapping`\ `     BUG: GCC is limited when calling overloaded base class functions` GCC-XML Upstream (1): `     ENH: pygccxml v1.7.3 (reduced)` GDCM Upstream (1): `     GDCM 2015-09-02 (1efe9e28)` Hans Johnson (27): `     COMP: Static analysis warning`\ `     COMP: Incorrect delete found by static analysis`\ `     PERF:  Avoid temporary std:vector copying.`\ `     COMP: Provide VXL backward compatible includes`\ `     COMP: ITK requires legacy methods`\ `     ENH: Need propagate ITK_LIBRARY_PROPERTIES`\ `     ENH: Added UpdateFromUpstream.sh for VNL`\ `     ENH: Manual copy from vxl/master`\ `     STYLE: vnl_math_[min|max] -> std::[min|max]`\ `     STYLE: Text files should end with a newline`\ `     COMP: Prefer C++11 constexpr when possible`\ `     COMP: Prefer C++11 constexpr when possible`\ `     ENH: Simplify std:: math function definitions`\ `     COMP: Error in constexpr usage`\ `     COMP: Add const to previous const variables`\ `     COMP: SizeValueType can has different definition for itkArray`\ `     ENH: Added utility for modernizing vcl_ to std::`\ `     ENH: Reference vnl_math.h constants directly`\ `     ENH: Avoid using vnl_math_ functions`\ `     COMP: Missing symbol for itkStaticConstMacro`\ `     COMP: Function override missing in BioCell`\ `     ENH: Convert vcl_ to std::`\ `     BUG: Windows vcl_snprintf failures addressed`\ `     COMP: Disabmiguate function calls to SetData`\ `     ENH: Provided static code API for external applications`\ `     COMP: Remove possible type conversion warnings`\ `     ENH: Merge GDCM release branch` Hyun Jae Kang (25): `     COMP: Fixed the compiler error of ITKCommon2TestDriver on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of VideoSourceTest on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of itkTimeProbeTest2`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of ITKFastMarchingTestDriver's tests on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of ITKReviewTestDriver on OSX 10.6`\ `     COMP: Fixed the data conversion warning messages of itkResourceProbe`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of itkLabelOverlapMeasuresImageFilterTest`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of ITKStatisticsTestDriver tests on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of itkMRIBiasFieldCorrectionFilterTest`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of itkBinaryShapeOpeningImageFilterTest1`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of vnl_test_complex on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of vnl_test_numeric_traits`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of test_pow_log on OSX 10.6`\ `     BUG: Exclude a test code of ITKLabelMapTestDriver on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the failed test case of itkSTLThreadTest on OS X 10.8`\ `     COMP: Update KWStyle to utilize the latest boost library`\ `     COMP: Fixed the compiler error of ITK on Mingw-w64`\ `     COMP: Temporarily suppress the warning messages of data-conversion on VS14`\ `     COMP: Put back the disappeared option of `“`BUILD`` ``EXAMPLES`”`.`\ `     BUG: Fix segmentation faults on mingw-W64 x86_64.`\ `     BUG: Fix the failed test of itkCastImageFilterTest on mingw-w64 compiler.`\ `     COMP: Fixed the cmake configuration for ITK_WRAP_DOC`\ `     COMP: Fixed the warning messages on VS14.`\ `     COMP: Add a missing head file at itkNumericTraitsStdVector.h`\ `     COMP: Fix the wraning message of data-conversion` Jean-Christophe Fillion-Robin (4): `     COMP: ITKExternalModule: Support building module without test directory.`\ `     STYLE: Facilitate maintenance of CastXML generator refactoring CMakeLists`\ `     COMP: Allow use of multiple `“`ITK`` ``external`` ``modules`”` in the same project.`\ `     STYLE: UseITK: Document static registration of ITK IO factories. See #3393` Jon Haitz Legarreta (7): `     COMP: Delete unused variable compiler warning.`\ `     ENH: Refactored itkBioCellTest`\ `     ENH: Exercise non-tested itk::Math methods.`\ `     ENH: Improve MersenneTwister class and test.`\ `     ENH: Improve itkFEMLoadPoint coverage.`\ `     ENH: Improve itkVersion class code coverage.`\ `     ENH: Perform class name checks in test macro` KWSys Robot (1): `     KWSys 2016-03-09 (36d8666f)` Lucas Gandel (9): `     ENH: Implement GetNumberOfParameter() in ImageToSpatialObjectMetric`\ `     COMP: Enable wrapping of multiple `“`ITK`` ``external`` ``modules`”` in the same project`\ `     COMP: Fix CASTXML_EXECUTABLE value for multiple external module`\ `     COMP: Fix external module testing`\ `     COMP: Fix git protocol setup`\ `     ENH: Conditionally add testing for External Modules`\ `     BUG: Fix call to std::max() with different variable types` Manuel Grizonnet (1): `     COMP: add ITKCommon_EXPORT to fix link issues with external applications` Matthew McCormick (73): `     ENH: Add TwoProjectionRegistration Remote Module.`\ `     ENH: Allow ITKVideoBridgeOpenCV to be built externally.`\ `     COMP: Add export specification for itk::ResourceProbe.`\ `     ENH: Do not force shared libraries when wrapping.`\ `     BUG: BUILD_TESTING should be not advanced.`\ `     ENH: Bump ITK version to 4.10.0.`\ `     DOC: Correct ITKImageNoise description spelling.`\ `     ENH: Wrap FFTNormalizedCorrelationImageFilter.`\ `     BUG: Remove Azure ExternalData resource.`\ `     BUG: ExternalData downloads from midas3.kitware.com only supports https.`\ `     BUG: Update ExternalData resource.`\ `     BUG: slicer.kitware.com/midas3/ ExternalData will not support http.`\ `     ENH: Add ITK_CUSTOM_LIBRARY_SUFFIX variable.`\ `     ENH: Wrap PipelineMonitorImageFilter.`\ `     BUG: Update MIDAS url for https in archive testing data script.`\ `     ENH: Wrap std::vector< itk::ImageRegion >.`\ `     BUG: Fix wrapping build with DEFAULT_MODULES OFF.`\ `     ENH: Add RGB pixel support to ImageToVTKImageFilter.`\ `     ENH: Add RGB and vector pixel type wrapping for ImageToVTKImageFilter.`\ `     STYLE: Use PixelType and ImageType in Python tests.`\ `     ENH: Avoid template type specification in Python wrapping.`\ `     COMP: Do not use has_key in itkTemplate New.`\ `     DOC: Emphasize that push access is not required to contribute patches.`\ `     ENH: Download SWIG and PCRE from midas3.kitware.com.`\ `     COMP: Ignore build warning from KWStyle's boost.`\ `     BUG: Remove Azure ExternalData resource.`\ `     BUG: ExternalData downloads from midas3.kitware.com only supports https.`\ `     BUG: slicer.kitware.com/midas3/ ExternalData will not support http.`\ `     ENH: Update the VNL README-ITK.txt subtree commit revision.`\ `     BUG: Mark VXL internal CMake variables as advanced.`\ `     BUG: Run itk_module_target on itknetlib.`\ `     DOC: Direct patches for VXL upstream to the GitHub repository.`\ `     BUG: Run itk_module_target on itknetlib.`\ `     COMP: Account for removal of vcl_* from upstream VXL.`\ `     COMP: Remove itkTypeMacro from BioCellHelper.`\ `     COMP: Convert itkBioCellTest arguments from double to int.`\ `     COMP: Turn off BUILD_DOCUMENTATION for VNL.`\ `     BUG: Install VXL config files to backwards-compatible locations.`\ `     ENH: Remove vcl_complex from the wrapping.`\ `     BUG: Install vnl_export.h and vnl_algo_export.h to previous locations.`\ `     BUG: midas3.kitware.com only supports the https protocol.`\ `     BUG: ImageIOBase SetDimensions should take SizeValueType.`\ `     ENH: Add wrapping for ImagePCAShapeModelEstimator.`\ `     COMP: Do not specify COMPONENTS with find_package(VTK.`\ `     DOC: Fix FFTW warning grammar.`\ `     COMP: Build against system HDF5 1.8.16.`\ `     ENH: Set a default CMAKE_BUILD_TYPE when building a module externally`\ `     COMP: Make initial HDF5 discovery of 1.8.16 quiet.`\ `     ENH: Use hidden symbol visibility for the CPython extension modules.`\ `     ENH: Turn on CMAKE_POSITION_INDEPENDENT_CODE by default.`\ `     BUG: FEMLoadPoint uninitialized value in the constructor.`\ `     BUG: Fix wrapping of complex types in VNL.`\ `     ENH: Bump CMakeLists.txt version 4.9.1.`\ `     COMP: Address ITKCommon Python submodule order.`\ `     BUG: Extend ExternalData_TIMEOUT_ABSOLUTE to 900 seconds.`\ `     BUG: Do not run KWStyle Git config on a release tarball.`\ `     COMP: Ambiguous RGBPixel access in CustomColormapFunction.`\ `     BUG: Prevent division by zero in PhasedArray3DSpecialCoordinatesImage.`\ `     BUG: Initialize azimuth and elevation to pi/2 in PhasedArray3D.`\ `     BUG: Increase MaskLabel backwards compatibility in N4 bias correction.`\ `     ENH: Deprecate MaskLabel in N4BiasFieldCorrectionImageFilter.`\ `     COMP: Update CastXML to support Visual Studio 2015 Update 2.`\ `     COMP: Do not set wrapping library visibility with static builds.`\ `     COMP: Update CastXML to support Visual Studio 2015 Update 2.`\ `     COMP: Broaden the KWStyle warning exception.`\ `     COMP: Update KWStyle version.`\ `     BUG: Do not use the same output file in N4BiasField Test 2,3.`\ `     COMP: Expand EXERCISE_BASIC_OBJECT_METHODS for other GCC versions.`\ `     ENH: Update Cuberille Remote to 2015-05-01.`\ `     ENH: Enable registration of the IOOpenSlide module through CMake.`\ `     ENH: Update itk.org URL's for HTTPS support.`\ `     BUG: Use CastXML built against LLVM with LLVM_ENABLE_TERMINFO OFF.`\ `     BUG: Fix Python wrapping on Windows when ITK_USE_64BIT_IDS is ON.` Michka Popoff (12): `     ENH: Use importlib for python 3.4 instead of imp`\ `     ENH: Update to Swig 3.0.8`\ `     ENH: Update PCRE to version 8.38`\ `     ENH: Wrap RayCastInterpolateImageFunction`\ `     ENH: Wrap RayCastInterpolateImageFunction`\ `     COMP: Remove debug output after vcl_complex removal from wrapping`\ `     ENH: Consolidate .idx file generation with swig .i generation.`\ `     ENH: Update UpdatepygccxmlFromUpstream.sh script`\ `     COMP: Set CastXML path and name for pygccxml 1.7.3`\ `     COMP: Fix RayCastInterpolateImageFunction wrapping for image dim 2`\ `     ENH: Use argparse instead of optparse in igenerator.py`\ `     ENH: Use https URL for OS X castxml binary (for consistency)` Nick Tustison (2): `     ENH:  Add fixed/moving masking in reg. methods.`\ `     ENH:  Making the mask usage consistent with ITK.` Pablo Hernandez-Cerdan (1): `     COMP: Fix warn in FFTW about delete [].` Sean McBride (18): `     COMP: Made script OS X compatible`\ `     COMP: mark GDCM GetSeriesHelper() method as deprecated`\ `     BUG: update script to fetch GDCM from its release-2-4 branch instead of master`\ `     DOC: Updated comment to reflect new GDCM version`\ `     COMP: Fixed recently introduced build error with deprecated GDCM method`\ `     BUG: Fixed invalid memory access found by ASan`\ `     COMP: Fixed clang warning about macro expansion giving defined`\ `     COMP: Fixed minor dashboards warnings and typos.`\ `     COMP: Fixed a bunch of clang -Wunreachable-code-break warnings`\ `     COMP: fixed some dashboard warnings (dead code, false positive)`\ `     BUG: Fixed off-by-1 error found by ASan`\ `     COMP: Fixed clang -Wcomma warning`\ `     COMP: Introduce ITK_FALLTHROUGH, to suppress switch fall through warnings`\ `     COMP: Fixed -Wwritable-strings warnings`\ `     COMP: Fixed remaining -Wcomma warnings`\ `     ENH: switch gdcm to release branch, not release-2-4`\ `     COMP: Hack HDF5 to build under ASan & UBSan`\ `     COMP: fixed clang -Wdeprecated-writable-strings warning` Shawn Waldon (1): `     STYLE: move itkGaussianDerivativeOperator` Sujin Philip (1): `     STYLE: Move itkBox* Filters` Sumedha Singla (3): `     ENH: Issue: ITK#3363 Replaced assignment in SetParameters function.`\ `     ENH: Remove unnecessary const_cast`\ `     BUG: Fixed the test itkHDF5ImageIOTest` VXL Maintainers (9): `     VNL 2015-11-22 (ea1d60fb)`\ `     VNL 2016-03-02 (cb31149e)`\ `     VNL 2016-03-13 (ae34f0fc)`\ `     VNL 2016-03-15 (751698ab)`\ `     VNL 2016-03-19 (df10fefa)`\ `     VNL 2016-03-25 (f0040231)`\ `     VNL 2016-03-30 (88f50849)`\ `     VNL 2016-04-22 (0ed18124)`\ `     VNL 2016-04-26 (6b168535)` Vladimir S. FONOV (3): `     MINC 2015-12-17 (dcb93a5f)`\ `     MINC 2016-01-30 (783bca38)`\ `     MINC 2016-02-24 (8632513e)` Ziv Yaniv (1): `     BUG: Interpretation of the Euler angles ZYX or ZXY was not exported.` ITK Sphinx Examples Changelog ------------------------------------------------------------------------ Dženan Zukić (1): `     ENH: Default is current directory. Avoid usage of the class SeriesHelper.` Matt McCormick (19): `     BUG: Do not depend on the VTK/OpenCV build when system provided.`\ `     ENH: Add ConvertAnitkImageTovtkImageData example.`\ `     ENH: Bump VTK's superbuild version to 7.0.0.`\ `     STYLE: CMake style updates to AddOffsetToIndex/CMakeLists.txt`\ `     ENH: Updates to CreateNewExample.py.in`\ `     ENH: Add ConvertvtkImageDataToAnitkImage example.`\ `     ENH: Update sphinx-bootstrap-theme to v0.4.8`\ `     ENH: Add Python version of StreamAPipeline.`\ `     ENH: Add ConvertAnRGBitkImageTovtkImageData`\ `     ENH: Add a PACE progress bar.`\ `     ENH: Add more Python content to CreateNewExample.py.`\ `     ENH: Add ConvertRGBvtkImageDataToAnitkImage`\ `     BUG: Disable Create3DVolume Python baseline test.`\ `     ENH: Add PerformRegistrationOnVectorImages.`\ `     ENH: Update itk.org URL's for HTTPS support.`\ `     COMP: Use itk::IndexValueType for subdomain index.`\ `     COMP: Bump OpenCV to 3.1.0.`\ `     BUG: Fix superbuild dependencies.`\ `     ENH: Bump ITK to v4.10.0.` ITK Software Guide Changelog ------------------------------------------------------------------------ Matt McCormick (6): `     DOC: Correct spelling in the wrapping description.`\ `     BUG: ExternalData servers now use https.`\ `     ENH: Update itk.org URL's for HTTPS support.`\ `     DOC: Adding wrapper .dll's to PATH on Windows is no longer necessary.`\ `     DOC: Document how to add a third-party dependency to a module.`\ `     ENH: Bump ITK ExternalProject to v4.10.0`