ITK Release 4.11 ================ New Features ------------------------------------------------------------------------ - Wrapping Improvements ` - Python GetArrayFromImage() and GetImageFromArray() from ITKBridgeNumPy are directly accessible from the Python itk namespace.`\ ` - The itk package loads much faster: individual modules are loaded only when required.`\ ` - Conversion of ITK images from and to NumPy array using Bridge NumPy supports RGB, RGBA, and Vector images.`\ ` - VNL vectors and VNL matrices can be converted from and to NumPy objects with respectively the new couple of functions GetArrayFromVnlVector()/GetVnlVectorFromArray() and GetArrayFromVnlMatrix()/GetVnlMatrixFromArray()`\ ` - The global timestamp is used across all ITK Python modules when built statically`\ ` - Wrap additional classes such as KernelFunctionBase`\ ` - itk_python_add_test CMake function added for Python script testing in ITK modules` - New Remote Modules ` - DVMeshNoise`\ `   - Perturbing mesh vertices with additive gaussian noise`\ `   - `[`https://hdl.handle.net/10380/3567`](https://hdl.handle.net/10380/3567)\ ` - PerformanceBenchmarking`\ `   - Accurate benchmarking of computational performance`\ `   - `[`https://hdl.handle.net/10380/3557`](https://hdl.handle.net/10380/3557)\ ` - PrincipalComponentsAnalysis`\ `   - Principal components analysis of scalar, vector, and mesh vertex data`\ `   - `[`https://hdl.handle.net/10380/3386`](https://hdl.handle.net/10380/3386)\ ` - RLEImage`\ `   - Run-length encoded memory compression scheme for itk::Image`\ `   - `[`https://hdl.handle.net/10380/3562`](https://hdl.handle.net/10380/3562)\ ` - MorphologicalContourInterpolation`\ `   - N-D morphological contour interpolation`\ `   - `[`https://hdl.handle.net/10380/3563`](https://hdl.handle.net/10380/3563)\ ` - GenericLabelInterpolator`\ `   - A generic interpolator for multi-label images`\ `   - `[`https://hdl.handle.net/10380/3506`](https://hdl.handle.net/10380/3506)\ ` - MultipleImageIterator`\ `   - Iterate over multiple images simultaneously`\ `   - `[`https://hdl.handle.net/10380/3455`](https://hdl.handle.net/10380/3455)\ ` - FixedPointInverseDisplacementField`\ `  - Computes inverse displacement field`\ `  - `[`https://hdl.handle.net/10380/3222`](https://hdl.handle.net/10380/3222) - Core Improvements ` - New ITK_TEMPLATE_EXPORT for templated classes resolves cross-binary dynamic_cast on Mac OSX`\ ` - New MersenneTwisterRandomVariateGenerator instances are initialized with different seeds`\ ` - Use compiler feature detection in CMake for C++11 features, etc.`\ ` - New CMake macro itk_module_add_library for creating libraries in ITK modules`\ ` - Improved support for ccache and distcc with CMAKE_``_COMPILER_LAUNCHER (CMake >=3.4 required)`\ ` - Support for .sha512 ExternalData content links`\ ` - GitHub Pages and data.kitware.com ExternalData repositories added`\ ` - GPGPU system support for C++11`\ ` - Support of new compilers: Visual Studio 15 and XCode 8.2.1 (clang-800.0.42.1)` - Filtering Improvements ` - HessianToObjectnessMeasure moved out of the ITKReview module`\ ` - New UnsharpMaskImageFilter for image edge enhancement` - IO Improvements ` - TransformFactory class has been moved to a separate module`\ ` - Spline order added to BSplineTransform identifier`\ ` - Improved NIFTI orientation support` - Documentation Improvements ` - Updates to the Software Guide, Doxygen, Wiki and Sphinx Examples` - Third Party Library Updates ` - pygccxml updated to v1.8.0`\ ` - VNL updated to latest upstream (2016.07.06)`\ ` - SWIG updated to v3.0.11`\ ` - KWSys updated to latest upstream (2016.11.21)`\ ` - HDF5 updated to v1.8.17`\ ` - SCIFIO updated to latest upstream (2016.12.01)`\ ` - DCMTK updated to 3.6.1_20121012`\ ` - CastXML to latest upstream (2016.01.28)` - Improved Code Coverage -- we are at 85.44%! ` - Jon Haitz-Legarreta's extensive code coverage improvements`\ ` - `[`https://blog.kitware.com/why-should-we-spend-time-writing-tests/`](https://blog.kitware.com/why-should-we-spend-time-writing-tests/) Changes from v4.11rc02 to v4.11.0 ------------------------------------------------------------------------ Bradley Lowekamp (3): `     BUG: Add itk prefix to TIFF files in binary directory.`\ `     BUG: Remove ITK_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN as Doxygen private`\ `     BUG: First IterationEvent is at CurrentIteration==0` Francois Budin (3): `     ENH: Update SCIFIO to latest revision (2017.01.17)`\ `     ENH: Update SCIFIO to lastest commit (01.21.2017)`\ `     BUG: Alpha value created when converted image to RGBA is not always 1` Jon Haitz Legarreta (2): `     BUG: Fix uninitialized variables in itkGaussianInterpolateImageFunction.`\ `     BUG: Fix RTTI Superclass name in itkLabelMapMaskImageFilter.` Matthew McCormick (2): `     BUG: Fix cat/echo in ContentLinkSynchronization.sh`\ `     ENH: Add missing SHA512 content links` Richard Beare (1): `     BUG: Fix precision issues with poly-line FlatStructuring element` Stephen Aylward (1): `     BUG: Target file for modules moved to subdir Targets.` Changes from v4.11rc01 to v4.11rc02 ------------------------------------------------------------------------ Bradley Lowekamp (5): `     BUG: Remove unused SimpleImageRegistrationTest baselines`\ `     ENH: Expose GetNextSeed method in MersenneTwiseter Generator`\ `     BUG: Add option for fixed seed or wall clock seed for sampling`\ `     BUG: Use metric random seed in v3 examples`\ `     BUG: Prefer setting seed at algorithm in `“`v4`”` tests.` Francois Budin (3): `     ENH: Update BridgeNumPy to latest version on 2017.01.08 to address ITK-3511`\ `     BUG: Extra \$ in doxygen comment`\ `     BUG: Binary include directory added only if enabled shared` Jon Haitz Legarreta (2): `     DOC: Document itkLabelOverlapMeasuresImageFilter methods.`\ `     DOC: Fix ITKImageNoise filters' doc TeX errors.` Matthew McCormick (1): `     BUG: Remove invalid ImageRegistration4Test.png.sha512` Max Smolens (1): `     DOC: Fix itkUnsharpMaskImageFilter documentation typos` Simon Rit (1): `     BUG: ITK-based software was crasing when thread creation failed` Changes from v4.10.0 to v4.11rc01 ------------------------------------------------------------------------ Bill Lorensen (4): `     COMP: Restore support for clang 3.0 compiler`\ `     COMP: Consistent use of ModifiedTimeType`\ `     ENH: Bump WikiExamples remote module version`\ `     ENH: Bump WikiExamples version` Bradley Lowekamp (57): `     ENH: Add registered TrasformIO's to exception`\ `     ENH: Use template or constant for loop stop condition`\ `     ENH: Updating SWIG version to 3.0.9`\ `     COMP: Address VS9 ambiguous std::abs call in Haung calculator`\ `     COMP: Fix undefined NumericTraits::Zero and One errors with mingw64`\ `     BUG: Fix segfault if ~CleanUpObjectFactory called multiple times`\ `     BUG: Address itkHDF5ImageIO test failures for mingw64`\ `     BUG: demonstrate dynamic_cast failure when reading transforms`\ `     BUG: Address itkHDF5ImageIO test failures for mingw64`\ `     ENH: Updating SWIG version to 3.0.10`\ `     ENH: Enable CMP0063 New behavior`\ `     COMP: Enable hidden visibility property with vxl static libraries`\ `     COMP: Enable hidden visibility property with HDF5 static libraries`\ `     COMP: Enable hidden visibility property with HDF5 static libraries`\ `     BUG: Match Add2 function to AddImageFilter documentation`\ `     ENH: Improve support for std::complex with PowImageFilter`\ `     ENH: Explicitly mark required files for dependent tests`\ `     COMP: Bypass XCode 7.3,8 internal compilation error`\ `     COMP: Address CMake configuration error with itkJPEG2000Test03 property`\ `     BUG: Correct test's REQUIRED_FILES to only the input.`\ `     ENH: move HessianToObjectnessMeasure filter out of Review`\ `     ENH: Separate TransformFactory class into separate module`\ `     DOC: Add links between similar label to rgb filters`\ `     ENH: Separate data from function calls`\ `     COMP: Fix changed Graft method`\ `     ENH: Reduce template dependencies on CalculateRotationMatrix`\ `     ENH: Add Functor Accessors to LabelMapToRGB filter`\ `     BUG: Enable VirtualDomain and FixedTransform in RegMethv4`\ `     BUG: Use BSpline Order 3 for 2D in transform factory.`\ `     ENH: Add spline order to BSplineTransform's string id`\ `     ENH: Adding initial CircleCi configuration file`\ `     COMP: Fix float to unsigned integer conversion warnings`\ `     BUG: Include installed modules in ITK_MODULES_ENABLED`\ `     COMP: Address CMake error that ITKGPUCommon is not in export`\ `     COMP: Address wrong library types with VS and shared libraries`\ `     BUG: Ensure CreateImageIO is concurrent thread safe`\ `     ENH: Mark HDF5 CMake options as internal`\ `     COMP: Add template export declaration for ParametricPath`\ `     COMP: Correct TEMPLATE_EXPLICIT definition in Path module`\ `     ENH: Factor out common code in the TrasformFactoryBase registration`\ `     ENH: Add CMake variable for max transform dimension, defaults 4`\ `     ENH: Create CMake module to check for private RTTI compatibility`\ `     ENH: Improving setting of default ITK_TEMPATE_VISIBILITY_DEFAULT`\ `     COMP: Correct ifndef value to allow user defined ITK_TEMPLATE_EXPORT`\ `     BUG: Add explicit instantiate for ObjectToObjectOptimizerBase`\ `     COMP: Use add_definitions for CMake 2.8.9 compatibility`\ `     COMP: Add warning suppression for distcc warning`\ `     ENH: Explicitly instantiate the optimizer base over float`\ `     BUG: Use IsLinear to check if transform is `“`affine`”\ `     ENH: Remove unneeded includes of random iterator header`\ `     ENH: Improve thread-safety for Generator, and unique New sequence`\ `     ENH: Do not use global random generator`\ `     BUG: Update v3 registration metrics to use local seed`\ `     ENH: Prefer setting local seed over global in tests.`\ `     ENH: Update SWIG to latest 3.0.11 release`\ `     BUG: relax testing parameters for v3 translation registration`\ `     BUG: Restore baseline for debug registration` Caspar Goch (2): `     BUG: Use printable type for RGBA pixel ostream for ITK-3501`\ `     STYLE: Remove extra space for ITK-3501` Christina Rossmanith (1): `     DOC: Added more details to the class Doxygen documentation.` Davis Vigneault (2): `     COMP: VCL_DEFINE_SPECIALIZATION not defined`\ `     ENH: Add remote module DVMeshNoise` Dženan Zukić (27): `     BUG: Fixing CID-1355433 (IDENTICAL_BRANCHES)`\ `     ENH: Adding MultipleImageIterator as a remote module`\ `     COMP: enables TBB 4.4 back-end for VTK7's SMP`\ `     COMP: enabling position independent code flag for FFTW`\ `     ENH: adding configuration file for code reformatting tool clang-format`\ `     ENH: Updating hooks to work with Windows/TortoiseGit/KDiff3`\ `     COMP: Fixing -fPIC flag passing with Ninja build system`\ `     ENH: Adding RLEImage as a remote module`\ `     ENH: Updating uncrustify configuration to current git version`\ `     STYLE: better compliance with ITK style`\ `     STYLE: A new option in uncrustify, updating the config file accordingly`\ `     ENH: Adding MorphologicalContourInterpolation as a remote module`\ `     ENH: improving documentation`\ `     BUG: fixing buffer growing endlessly, as reported by Timothee Evain`\ `     BUG: fixing buffer growing endlessly, as reported by Timothee Evain`\ `     STYLE: default uncrustify configuration file is less aggressive`\ `     COMP: Fixing warning`\ `     COMP: VS15 compiler fix`\ `     BUG: casting -9 to unsigned produced unwanted result`\ `     BUG: Ensuring consistency between debug and release`\ `     COMP: Updating LesionSizingToolkit after some recent compile fixes`\ `     COMP: respect option METAIO_USE_NAMESPACE`\ `     ENH: updating version of AnisotropicDiffusionLBR`\ `     ENH: adding UnsharpMaskingImageFilter`\ `     COMP: explicitly cast to output type`\ `     BUG: double call to update would cause empty output image`\ `     ENH: Updating RLEImage remote module. Change-log:` Eugene Prilepin (4): `     ENH: Add the `“`ITK_USE_GPU`”` to ITK Config`\ `     BUG: Fix API for set/get `“`LaplacianImageFilter`”` object`\ `     ENH: Add support of images types with the 'CovariantVector' pixel type`\ `     ENH: Add python test for the 'GradientVectorFlowImageFilter' wrap` Francois Budin (52): `     ENH: Adding GetArrayFromImage in python itk namespace`\ `     ENH: Adding GetImageFromArray in python itk namespace`\ `     ENH: *_WRAP_* variable per external module`\ `     BUG: ImportImageFilter not responsible of memory management`\ `     ENH: New remote module GenericLabelInterpolator`\ `     DOC: SetNumberOfOutputs had wrong comment`\ `     BUG: lazyAttributes dictionary keys could be over-ridden`\ `     BUG: lazyAttributes dictionary keys could be over-ridden`\ `     BUG: Fix recent update of HDF5 (1.8.17)`\ `     ENH: Update SCIFIO to latest version on 08/23/2016`\ `     ENH: Addition of the remote module FixedPointInverseDisplacementField`\ `     ENH: Update SCIFIO to latest version on 08/29/2016`\ `     BUG: Path to commit was relative instead of absolute`\ `     ENH: Path to SetupForDevelopment is relative, not absolute`\ `     BUG: LSMImageIO write function was not checking image dimension`\ `     BUG: LSMImageIO was not checking correctly image dimension`\ `     BUG: Missing associated test data`\ `     BUG: Missing associated test data`\ `     ENH: Bump CMakeLists.txt version to 4.10.1.`\ `     BUG: Quotes are not escaped in configured cmake file`\ `     ENH: Improving API of Graft() in itk::Image`\ `     ENH: Updating ITKGenericLabelInterpolator remote module`\ `     ENH: Update ITKIOTransformDCMTK remote module`\ `     BUG: Factory registration should depend on ITK_BUILD_SHARED`\ `     COMP: Updating DCMTK compilation for Ninja`\ `     ENH: Update version of DCMTK to 3.6.1_20121012`\ `     ENH: Update SCIFIO to latest version on 10/25/2016`\ `     BUG: Swig and PCRE do not support space in installation paths`\ `     BUG: exit() call from within piped commands was not exiting the script`\ `     BUG: Typo in folder creation command`\ `     ENH: Only display message for transform registered multiple times in debug`\ `     ENH: Image spacing must be positive`\ `     BUG: Supported extensions by PNG IO were not added in constructor.`\ `     DOC: Documentation in itkRBGAPixel and itkRGBPixel was incorrect.`\ `     ENH: Update SCIFIO to lastest (2016.12.01)`\ `     ENH: FixedPointInverseDisplacementField moved to InsightSoftwareConsortium`\ `     COMP: Remove compilation warnings`\ `     ENH: Improved support of ccache and distcc`\ `     BUG: GPUImage regression due to API change.`\ `     ENH: Update Bridge Numpy (2016.12.05)`\ `     ENH: Update VariationalRegistration to remove warnings during compilation`\ `     ENH: FindPythonLibs does not support both debug and release python libraries`\ `     ENH: Update VariationalRegistration`\ `     BUG: Missing ITK_TEMPLATE_EXPORT in forward declaration of itk::ImageBase`\ `     BUG: Missing ITK_TEMPLATE_EXPORT in itkOptimizerParametersHelper`\ `     BUG: Missing ITK_TEMPLATE_EXPORT in templated class`\ `     BUG: Remove linkage warnings on MacOS`\ `     BUG: HDF5 CMake installation directory variable had not been updated`\ `     BUG: Missing include header in AnisotropicDiffusionBLR remote module hxx files`\ `     COMP: Silencing unused variable warning in itkTimeStamp`\ `     STYLE: Improve style checking by using module ITKKWStyleOverwrite.txt`\ `     COMP: OS*Barrier functions are deprecated on MacOS 10.12` GCC-XML Upstream (1): `     ENH: pygccxml v1.8.0 (reduced)` Gert Wollny (1): `     BUG: Relax vnl_complex floating point comparisons for i386` Gilles Filippini (1): `     BUG: Use NATIVE_HBOOL for encoding HDF5 types.` HDF Group (1): `     ENH: hdf5 1.8.17-r30218 (reduced)` Hans Johnson (23): `     COMP: Use cmake WriteCompilerDetectionHeader`\ `     ENH: Use itk_compiler_detection versions`\ `     COMP: Need ITK_NOEXCEPT_OR_THROW macro.`\ `     COMP: Provide consistent granular C++11 support`\ `     STYLE: Use granular ITK_COMPILER_CXX_STATIC_ASSERT`\ `     STYLE: Prefer to use consistent definitions`\ `     COMP: Improve robustness of identifying the compiler standard used`\ `     BUG: try_compile for AlignAs were always failing`\ `     STYLE: Provide a well documented macro for repeated code`\ `     STYLE: Delete functions in consistent way`\ `     COMP: GPU baseclass ivars need to be protected`\ `     COMP: Remove unnecessary circular dependancy`\ `     COMP: Add long long usage for HDF5`\ `     COMP: Add long long usage for HDF5`\ `     STYLE: Prefer static small array to dynamic array`\ `     BUG: Confusing interface for FFTW wisdom files`\ `     STYLE: Output dimension from OutputImageType`\ `     STYLE: Code review style cleanups`\ `     STYLE: Prefer to use ITK AssertOrThrow macros`\ `     ENH: Add OverrideBoundaryCondition logic`\ `     ENH: Provide mechanism for enhanced NIFTI support`\ `     BUG: Use NIFTI sform/qform conventions correctly`\ `     ENH: Remove ambiguity about sform/qform` Hastings Greer (8): `     BUG: ITK-3448 Wrap itkQuadEdgeCellTraitsInfo more specifically`\ `     BUG: make itkTriangleHelper instantiable to ease wrapping`\ `     BUG: remove lsqr because of license issues ITK 1160`\ `     BUG: make itkTriangleHelper instantiable to ease wrapping`\ `     BUG: initialize X to zero in lsmr Solve`\ `     BUG: Labled Point Set Registration: test multiple labels`\ `     BUG: Fix python wrapping of Cuberille remote module`\ `     BUG: Add test demonstrating Python global timestamp issue` Jean-Christophe Fillion-Robin (5): `     STYLE: UseITK: Set ImageIO exceptions using new convention. See #3393`\ `     STYLE: MeshIO: Moves virtual destructor into cpp files. See #3393`\ `     STYLE: Update MeshIO factories to use RegisterFactoryInternal. See #3393`\ `     STYLE: MeshIO: Move MeshFileWriterException into its own file. See #3393`\ `     STYLE: MeshIO: Remove unused include from headers. See #3393` Johan Andruejol (3): `     ENH: Add missing itkKernelFunctionBase wrapping`\ `     ENH: Add PrincipalComponentsAnalysis remote module`\ `     COMP: Override cannot be used with inline` Jon Haitz Legarreta (216): `     ENH: Improve itkFlatStructutingElement coverage.`\ `     ENH: Improve itkPathToImageFilter class coverage.`\ `     ENH: Improve itkIsolatedWatershedImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkLogSigmoidTransferFunction coverage.`\ `     STYLE: Improve itkBSplineTransform doc style.`\ `     ENH: Improve GaborKernelFunctionCoverage.`\ `     PERF: Remove duplicate itkMath include`\ `     STYLE: Move the PrintSelf method to the end`\ `     STYLE: Improve the itkScalarToRGBColormapImageFilter style.`\ `     STYLE: Delete duplicate method documentation`\ `     STYLE: Remove method documentation from implementation file`\ `     STYLE: Improve GACLevelSet classes' style`\ `     STYLE: Improve test style`\ `     ENH: Improve itkGaussianDerivativeImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve the itkScalarToRGBColormapImageFilter coverage`\ `     STYLE: Improve itkScalarToRGBColormap test style`\ `     ENH: Improve GACLSImageFilter classes' coverage`\ `     STYLE: Improve comment style in GACLS tests`\ `     ENH: Improve itkImportImageFilter coverage`\ `     ENH: Improve itkVideoFileReader coverage`\ `     ENH: Improve itkVideoFileWriter coverage`\ `     STYLE: Improve the itkVideoFileWriter style.`\ `     STYLE: Imrpove itkVideoFileReader style.`\ `     ENH: Improve the itkBSplineControlPointImageFunction coverage`\ `     STYLE: Improve the itkIntensityWindowingImageFilter style`\ `     STYLE: Improve the itkIntensityWindowingImageFilter test style`\ `     ENH: Improve ImageToSpatialObjectRegistrationMethod coverage`\ `     STYLE: Improve test style`\ `     ENH: Improve MaskNeighborhoodOperatorImageFilter coverage`\ `     ENH: Improve itkMeshFileWriter coverage`\ `     ENH: Improve RescaleIntensityImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkClampImageFilter coverage.`\ `     BUG: Fix ivar type casting in PrintSelf.`\ `     STYLE: Improve MRIBiasFieldCorrectionFilter style.`\ `     ENH: Improve MRIBiasFieldCorrectionFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkIntensityWindowingImageFilter coverage`\ `     BUG: Fix Run-time type information in CSV module classes.`\ `     ENH: Improve the itkHistogram class code coverage.`\ `     DOC: Fix documentation typo.`\ `     STYLE: Improve the ImproveRescaleIntensityImageFilter style.`\ `     PERF: Make the itkVideoFileReader ivars private`\ `     PERF: Make itkVideoFileWriter ivars private`\ `     ENH: Improve coverage for itk::OrientImageFilter.`\ `     STYLE: Improve itk::OrientImageFilter class style.`\ `     ENH: Improve itkCSVNumericObjectFileWriter coverage.`\ `     ENH: Add missing standard class typdefs.`\ `     ENH: Improve itkVoronoiSegmentationImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkVoronoiSegmentationImageFilter style.`\ `     STYLE: Improve the MalahanobisDistanceThresholdImageFunction style.`\ `     ENH: Improve coverage for itkMalahanobisDistanceThreshold.`\ `     ENH: Improve itk::MinimumMaximumImageCalculator coverage.`\ `     ENH: Improve itkMinimumMaximumImageCalculator style.`\ `     BUG: Fix type mismatch in test.`\ `     STYLE: Improve itkPolylineMaskImagefilter style.`\ `     ENH: Improve itkPolylineMaskImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkFileListVideoStyle.`\ `     ENH: Improve itkLandmarkBasedTransformInitializer coverage.`\ `     ENH: Add baseline image to itkPolylineMaskImageFilter test.`\ `     ENH: Improve coverage for itkBSplineTransformInitializer.`\ `     STYLE: Improve itkBSplineTransformInitializer doc style.`\ `     ENH: Enhance itkBSplineTransformInitializer implementation.`\ `     DOC: Fix typo in method documentation.`\ `     ENH: Improve the itkRegularStepGradientDescentOptimizerv4 style.`\ `     STYLE: Improve the itkSimpleContourExtractorImageFilter style.`\ `     ENH: Exercise the class' Get methods.`\ `     ENH: Improve coverage for itkStatisticsOpeningLabelMapFilter.`\ `     ENH: Improve style for itkThresholdLabelerImageFilter.`\ `     ENH: Improve itkThresholdLabelerImageFilter coverage.`\ `     ENH: Get internal ImageIO via a const macro.`\ `     ENH: Improve the itkSimpleContourExtractorImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve the itkMetaArray class style.`\ `     ENH: Improve MetaArrayReader/Writer coverages.`\ `     ENH: Improve the itkCovarianceImageFunction style.`\ `     STYLE: Improve itkVoronoiDiagram2DGenerator style.`\ `     ENH: Improve VoronoiDiagram2DGenerator coverage.`\ `     STYLE: Improve the itkBayesianClassifierImageFilter style.`\ `     STYLE: Improve the itkMetaArrayWriter style.`\ `     ENH: Improve itkCovarianteImageFunction coverage.`\ `     COMP: Fix signed/unsigned int comparison warning.`\ `     DOC: Improve itkGrayscaleDilateImageFilter documentation.`\ `     DOC: Improve documentation for itkGrayscaleErodeImageFilter.`\ `     DOC: Improve ConfigureHistogram method documentation.`\ `     STYLE: Improve the itkMovingHistogramMorphologyImagefilter style.`\ `     BUG: Fix Superclass name in RTTI.`\ `     STYLE: Improve itkGaussianInterpolateImageFunction style.`\ `     ENH: Improve coverage for itkGaussianInterpolateImageFunction.`\ `     ENH: Improve itkBayesianClassifierImageFilter coverage.`\ `     ENH: Add itkBSplineControlPointImageFilter RTTI.`\ `     STYLE: Improve itkBSplinecontrolPointImageFilter style.`\ `     ENH: Improve itkBSplineControlPointImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve coverage for itkRegularStepGradientDescentOptimizerv4.`\ `     STYLE: Improve the class implementation file style.`\ `     STYLE: Improve the itkResampleImageFilter style.`\ `     DOC: Fix typo in GetMTime method doc.`\ `     STYLE: Remove out-of-body implementation doc`\ `     ENH: Improve itkResampleImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkAbsImageAdaptor and Filter coverage.`\ `     BUG: Fix itkLSMImageIO class' Superclass name.`\ `     ENH: Improve the itkInterpolateImagePointsFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkPowImageFilter coverage.`\ `     BUG: Fix ConvolutionImageFilter RTTI.`\ `     STYLE: Use initialization lists.`\ `     STYLE: Improve BinaryFunctorImageFilter style.`\ `     ENH: Improve itkMinimumImageFilter code coverage.`\ `     BUG: Fix Linux-x86_64-gcc4.1 warning on implicit conversion.`\ `     ENH: Improve MaximumImageFilter coverage.`\ `     BUG: Fix conversion to PixelType conversion.`\ `     COMP: Fix double to unsigned char conversion warning.`\ `     ENH: Improve coverage for itkNormalizeToConstantImageFilter.`\ `     BUG: Fix itkSquaredDifferenceErrorFunction RTTI.`\ `     ENH: Improve itkMeanImageFunctionCoverage.`\ `     ENH: Improve itkSquareImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve the itkSquaredDifferenceErrorFunction style.`\ `     STYLE: Enhance style for itkNormalizeToConstantImageFilter.`\ `     STYLE: Improve itkMeanImageFunction style.`\ `     ENH: Remove unnecesary call to filter print.`\ `     ENH: Improve itkRegionOfInterestImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve itkRegionOfInterestImageFilter style.`\ `     STYLE: Improve itkPasteImageFilter style.`\ `     STYLE: Improve itkJoinSeriesImageFilter style.`\ `     BUG: Fix itkPadLabelMapFilter RTTI Superclass.`\ `     COMP: Address std::cout.precision conversion warning.`\ `     ENH: Improve itkBayesianClassifiertImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkPadLabelMapFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkJoinSeriesImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve the itkPasteImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve MeanImageFilter coverage.`\ `     COMP: Address std::cout.precision conversion warning.`\ `     ENH: Improve TernaryMagnitudeImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve FFTConvolutionImageFilter coverage.`\ `     DOC: Fix class documentation in ternary magnitude filters.`\ `     ENH: Improve ConstrainedValueDifferenceImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve AndImageFilter coverage.`\ `     ENH: Add baseline test to itkTernaryMagnitudeImageFilter.`\ `     ENH: Use MD5 comparison framework in baseline test.`\ `     ENH: Improve itk::VectorRescaleIntensityImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve the itkVectorRescaleIntensityImageFilter style.`\ `     ENH: Print missing ivar in filter PrintSelf method.`\ `     ENH: Improve itkComplexToImaginaryFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkComplexToPhaseImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkComplexToModulusImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkComplexToRealImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkVectorResampleImageFilter coverage.`\ `     ENH: Add GetTransform method.`\ `     ENH: Improve itkConstrainedValueAdditionImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkModulusImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkLog10ImageFilter coverage.`\ `     ENH: Imporve itkMagnitudeAndPhaseToComplexImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkLogImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkInvertIntensityImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve itkInvertIntensityImageFilter style.`\ `     DOC: Add missing doc to itkInvertIntensityImageFilter.`\ `     STYLE: Improve itkIntensityWindowingImageFilter style.`\ `     STYLE: Use initialization lists.`\ `     ENH: Improve itkIntensityWindowingImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkNaryMaximumImageFilter coverage.`\ `     COMP: Fix std::precision type casting warning.`\ `     ENH: Improve itkPointSetToPointSetRegistrationMethod coverage.`\ `     STYLE: Improve the itkPointSetToPointSetImageRegistrationMethod style.`\ `     ENH: Remove SmartPointers being explicitly initialized to null.`\ `     STYLE: Improve the itkPointSetToImageRegistrationMethod style.`\ `     ENH: Improve itkPointSetToImageRegistration coverage.`\ `     STYLE: Change the name of the itkPointSetToImageRegistrationMethod test.`\ `     STYLE: Improve itkVectorResampleImageFilter style.`\ `     STYLE: Improve the itkAntiAliasBinaryImageFilter style.`\ `     ENH: Improve trigonometric function filters' coverage.`\ `     STYLE: Remove test names from std::out messages.`\ `     ENH: Improve Boolean Algebra ImageFilters coverage.`\ `     STYLE: Improve the EuclideanDistancePointMetric style.`\ `     ENH: Improve itkSigmoidImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve itkCropImageFilter style.`\ `     ENH: Improve itkCropImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve RGBToLuminanceImageFilter and Adaptor coverage.`\ `     ENH: Improve itkRescaleIntensityImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve the itkMatrixSelectionImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkTanImageFilter and Adaptor coverage.`\ `     ENH: Increase itkSqrtImageFilter and Adaptor coverage.`\ `     ENH: Increase itkTernaryOperatorImageFilter coverage.`\ `     ENH: Increase itkSymmetricEigenAnalysisImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve itkScalarImagekmeansImageFilter style.`\ `     STYLE: Conform to TEST_SET_GET_VALUE definition.`\ `     BUG: Fix uninitialized variable due to dynamic analysis defect.`\ `     BUG: Fix uninitialized variable defect reported by valgrind.`\ `     ENH: Improve the itkPointSetToPointSetRegistrationTest.`\ `     ENH: Improve the itkPointSetToImageRegistrationTest.`\ `     ENH: Increas BinaryMagnitudeImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Remove test name from std output.`\ `     ENH: Increase MagnitudeImageFilter coverage.`\ `     BUG: Fix uninitialized variable defect reported by valgrind.`\ `     BUG: Fix Superclass name in RTTI.`\ `     STYLE: Improve itkFrustumSpatialFunction style.`\ `     STYLE: Improve the itkConicShellInteriorExteriorSpatialFunction style.`\ `     BUG: Fix Superclass template argument list.`\ `     STYLE: Improve the itkTorusInteriorExteriorSpatialFunction style.`\ `     STYLE: Improve the itkCheckerBoardImageFilter class style.`\ `     ENH: Improve the itk::LabelVotingImageFilter coverage.`\ `     ENH: Improve itkCheckerBoardImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve itk::LabelVotingImageFilter style.`\ `     STYLE: Improve the itkHoughTransform2DCirclesImageFilter style.`\ `     ENH: Add test for itk::FrustumSpatialFunction class.`\ `     ENH: Improve itkConnectedThresholdImageFilter coverage.`\ `     STYLE: Improve itkConnectedThresholdImageFilter style.`\ `     BUG: Fix FrustumSpatialFunction internal precision conversion.`\ `     COMP: Fix implicit conversion warning.`\ `     STYLE: Improve itkThresholdImageFilter style.`\ `     ENH: Add test for itk::TorusInteriorExteriorSpatialFunction.`\ `     BUG: Fix Superclass template argument list.`\ `     ENH: Improve itkUnsharpMaskingImageFilter implementation.`\ `     ENH: Improve the itkUnsharpMaskingImageFilter coverage.`\ `     ENH: Fix UnsharpMaskingImageFilter test inconsistencies.`\ `     BUG: Add missing itkTypeMacro.`\ `     DOC: Document the member variables.`\ `     BUG: Fix the itkImageSource RTTI class name,`\ `     STYLE: Improve itkLabelImageGaussianInterpolateImageFunction style.`\ `     ENH: Finish itkGaussianInterpolateImageFunction PrintSelf.`\ `     STYLE: Improve itkLabelOverlapMeasurementImageFilter style.` KWSys Robot (6): `     KWSys 2016-06-30 (96f06c8e)`\ `     KWSys 2016-10-23 (b630d2f5)`\ `     KWSys 2016-11-03 (37306a1c)`\ `     KWSys 2016-11-08 (2b3e2b1c)`\ `     KWSys 2016-11-09 (18c65411)`\ `     KWSys 2016-11-21 (cb55cf5a)` Maeliss Jallais (1): `     BUG: Add unsigned and signed short to the wrapping of vnl_matrix` Matthew McCormick (85): `     PERF: Simplify HilbertPath numberOfPathVertices computation.`\ `     BUG: CID 1355469 NNetClassifierTest4 unintended integer division.`\ `     BUG: Update Cuberille Remote for version check fix.`\ `     ENH: Bump ITK version to 4.11.0.`\ `     BUG: Fix HDF5ImageIO type information.`\ `     BUG: Fix H5File memory leak in HDF5ImageIO.`\ `     DOC: Collect Francois Budin's contributions in .mailmap`\ `     BUG: Limit WRAP_ITK_MODULES when building externally`\ `     STYLE: Improvements to ResourceProbe report output.`\ `     ENH: Add a useTabs argument to ResourceProbe::Report.`\ `     ENH: Add standard error measure to the ResourceProbe`\ `     ENH: Add itk_python_add_test function.`\ `     BUG: Remove VNL file from subtree merge.`\ `     COMP: Fix wrapping with a space in the Python include path`\ `     BUG: Fix PermuteAxesImageFilter pipeline method visibility`\ `     BUG: Initialize PermuteOrder and FlipAxes in OrientImageFilter`\ `     BUG: ResampleImageFilter honor isInside output of the transform method`\ `     COMP: Avoid recursive include of itkMath.h`\ `     COMP: Fix VXL header installation locations`\ `     BUG: ClampImageFilterTest for older GCC, InPlaceOn`\ `     DOC: Add CONTRIBUTING.md file to the top level.`\ `     COMP: Update VariationalRegistration to address Doxygen warnings`\ `     BUG: Compiler detections file installed into ITK build tree location`\ `     COMP: Do not use string(TIMESTAMP.`\ `     COMP: Remove HDF5 -std=c99 for C++ files`\ `     BUG: Do not build HDF5 static library with a shared build`\ `     ENH: Add PerformanceBenchmarking Remote Module`\ `     COMP: Remove duplicate wrappings for ResampleImageFilter`\ `     BUG: Put Python test output files in the build tree`\ `     BUG: Improve HDF5ImageIO::CloseDataSet name`\ `     COMP: Use add_python_test PythonLazyLoadingImage`\ `     COMP: Address missing override it itkFactoryTestLib.cxx`\ `     BUG: Index,Size,Offset constructors present in Python with C++11`\ `     COMP: Address missing override it itkFactoryTestLib.cxx`\ `     BUG: PerformanceBenchmarking as EXCLUDE_FROM_DEFAULT`\ `     ENH: Bump SetupForDevelopment version`\ `     BUG: Add missing ZLib deflate support to HDF5`\ `     BUG: Address memory leak, remove NumPy build dep in BridgeNumPy`\ `     COMP: Do not set ITK_LIBRARY_BUILD_TYPE in ITKTransformFactory`\ `     COMP: Do not set ITK_LIBRARY_BUILD_TYPE in ITKTransformFactory`\ `     BUG: Check when ITK_WRAP_VECTOR_COMPONENTS doesn't include ITK_WRAP_IMAGE_DIMS`\ `     BUG: RichardsonLucyDeconvolutionImageFilter with non-null input Image Origin`\ `     BUG: Fix inconsistent Twister start with Initialize(seed) and SetSeed(seed)`\ `     BUG: Do not hard code CMake scripts in HDF5`\ `     COMP: Workaround Emscripten ITKCommon test build failure`\ `     COMP: Do embed fancy HDF5 libsettings with Emscripten`\ `     COMP: Add missing H5T_patch_vlen_file declaration`\ `     ENH: Bump CastXML to 2016-10-11 master.`\ `     COMP: Workaround Emscripten ITKCommon test build failure`\ `     BUG: Swap CastXML hashes for Mac OSX and Windows`\ `     ENH: Sync ExternalData.cmake with upstream CMake 3.6.2`\ `     COMP: Fix VNL tests when cross-compiling`\ `     ENH: ExternalData multi-algorithm support`\ `     ENH: ExternalData support for data.kitware.com`\ `     BUG: Install missing H5pubconf.h`\ `     BUG: Use SpacePrecisionType in TileImageFilter`\ `     BUG: Use internal ExternalData_Add_Target`\ `     ENH: Run .sha512, .md5 simultaneous modification pre-commit check`\ `     BUG: Correct CastXML Windows binary`\ `     BUG: Support non-zero Index in LevelSetNeighborhoodExtractor`\ `     ENH: Add ArchiveTestingDataOnGirder.py`\ `     BUG: Correct AtanRegularizationHeavisideStepFunction derivative`\ `     ENH: Add Utilities/Maintenance/ContentLinkSynchronization.sh`\ `     BUG: Remove extra HessianToObjectness content links`\ `     ENH: Wrap SpatialFunction float types with ITK_WRAP_float`\ `     BUG: Bump PerformanceBenchmarking to 2016-11-04`\ `     BUG: itk_python_expression_add_test too many quotes.`\ `     ENH: Wrap VectorImage with complex real pixel types`\ `     ENH: Bump PerformanceBenchmarking to 2016-11-07`\ `     BUG: Do not assume zero Index in ReinitializeLevelSetImageFilter`\ `     ENH: Create itk_module_add_library macro`\ `     BUG: Update computeCodeCoverageLocally.sh for KWStyle addition`\ `     COMP: Install a newer version of CMake on CircleCI`\ `     ENH: Use GitHub Pages as the first ExternalData resource`\ `     ENH: Add tests to demonstrate OSX dynamic_cast failure`\ `     BUG: Use random seed with for MersenneTwisterRandomVariateGenerator.`\ `     BUG: Enable program global timestamp`\ `     BUG: Set random number seed in Mattes metric test`\ `     BUG: Notify builder that ITK_DYNAMIC_LOADING is required with wrapping`\ `     BUG: Define ITK_DYNAMIC_LOADING before ITK_WRAP_PYTHON`\ `     BUG: Set random number seed mutual information metric tests`\ `     BUG: Wrap std::vector< itk.Point >`\ `     BUG: Fix wrapping of LandmarkBasedTransformInitializer`\ `     BUG: Rename UnsharpMaskingImageFilter to UnsharpMaskImageFilter`\ `     DOC: Add Dženan Zukić to .mailmap` Max Smolens (4): `     COMP: CID-1266557 StatisticsLabelMapFilter uninitialized scalar field`\ `     BUG: CID-1355438 QuadEdgeTest1 resource leaks`\ `     COMP: CID-1355472 MIRegistrationFunction unused value`\ `     COMP: Fix link errors for VNL template instantiations on Windows` Mayeul Chassagnard (7): `     BUG: Test added and error fixed in HDF5ImageIO`\ `     ENH: Update add_library TO itk_module_add_library`\ `     COMP: Set Policy CMP0023 target_link_libraries for Modules/ThirdParty/VNLI...`\ `     BUG: Add ITK_TEMPLATE_EXPORT to template classes`\ `     BUG: Fix errors linked to dyn_cast merge`\ `     BUG: Restore old ITKModule_TEMPLATE_EXPORT specification for classes`\ `     BUG: dash3win7 dashboard build error unresolved external symbol` Michka Popoff (3): `     ENH: Update UpdatepygccxmlFromUpstream.sh for v1.8.0`\ `     ENH: Update igenerator.py for pygccxml v1.8.0`\ `     COMP: Use pygccxml's public API for apply definitions` Pierre Barbier de Reuille (2): `     COMP: Fix function naming error when using FFTWD`\ `     COMP: Fix function naming error when using FFTWD` Sean McBride (1): `     COMP: Bypass HDF5 bugs under TSan` Simon Rit (2): `     COMP: remove C++11 compiler warning for CUDA compilations`\ `     COMP: remove C++11 compiler warning for CUDA compilations` Somesh Kashyap (2): `     BUG: Override TransformCategoryType for AzimuthElevationToCartesianTransform`\ `     BUG: -Added test case for  itkAzimuthElevationToCartesianTransform` Sumedha Singla (1): `     ENH: Updated the git tag for ITK-Minimal-Path-Extraction remote module` Taylor Braun-Jones (4): `     COMP: Skip path length checks if ITK_SKIP_PATH_LENGTH_CHECKS is enabled`\ `     COMP: Fix truncation from double to float warning`\ `     DOC: Fix incorrect itkFactorylessNewMacro documentation`\ `     COMP: Only include the headers for required OpenCV modules` Thien Nguyen (1): `     PERF: SmapsFileParser unnecessary dynamic_cast` VXL Maintainers (4): `     VNL 2016-05-15 (14f97ab4)`\ `     VNL 2016-06-22 (23a93adb)`\ `     VNL 2016-06-29 (d62a2d70)`\ `     VNL 2016-07-06 (acfa62cc)` Vladimir S. FONOV (1): `     COMP: Build against GCC 5.3.1` Zach Williamson (2): `     ENH: Update Remote Module Tags`\ `     BUG: Fix Python Wrappings in C++11` Ziv Yaniv (1): `     BUG: Metric sampling percentage accepted values outside (0.0, 1.0].` ITK Sphinx Examples Changes ------------------------------------------------------------------------ Matt McCormick (6): `     BUG: Use GDCM ITK module name`\ `     ENH: Rename ReadDICOMSeriesAndWrite3DImage`\ `     BUG: Add tests for ReadDICOMSeriesAndWrite3DImage`\ `     ENH: Bump ITK Superbuild version to 2016-09-20 master`\ `     ENH: Add Python version of ReadDICOMSeriesAndWrite3DImage`\ `     ENH: Add Python version of CreateAnRGBImage` Michka Popoff (5): `     ENH: Use same Python interpreter as ITK for wrapping tests`\ `     BUG: Fix ResampleAnImage example (Python3)`\ `     ENH: Add Python example for ApplyAFilterOnlyToASpecifiedRegionOfAnImage`\ `     ENH: Add 7 Python examples to Core/Common`\ `     ENH: Add BoundingBoxOfAPointSet Python example` ITK Software Guide Changes ------------------------------------------------------------------------ Matt McCormick (8): `     DOC: Move the location for obtaining the software`\ `     DOC: Remove reference to ITKApps`\ `     ENH: Bump ITK ExternalProject version to 2016-11-02 master`\ `     DOC: Document the ITK module registry`\ `     ENH: Bump ITK ExternalProject version to v4.11rc01 master`\ `     DOC: Update CMake hyperlinks`\ `     DOC: Update minimum required CMake version to 2.8.9`\ `     DOC: Add section on static and shared libraries.`