ITK Release 4.9 =============== New Features ------------------------------------------------------------------------ - Wrapping improvements `Python 3 supported`\ `Visual Studio 2015 supported`\ `C++14 standard supported`\ `GCC 6 supported`\ `Wrapping builds much faster due to CastXML binaries`\ `LandmarkBasedTransformInitializer now wrapped`\ `NumPy bridge with VisualStudio`\ `Wrapping for the MinimalPathExtraction module`\ `Wrapping is now installed into Python’s site-packages directory in the “itk” package`\ `Wrapping package size is decreased`\ `Better package portability on Mac OSX` - New Remote Modules `Cuberille`\ `  Insight Journal Article: `[`https://hdl.handle.net/10380/3186`](https://hdl.handle.net/10380/3186)\ `AnisotropicDiffusionLBR`\ `  Insight Journal Article: `[`https://hdl.handle.net/10380/3505`](https://hdl.handle.net/10380/3505)\ `  Web browser reproducibility: `[`https://www.kitware.com/blog/home/post/942`](https://www.kitware.com/blog/home/post/942) - Core Improvements `External Modules can now be developed outside of the ITK source tree and on GitHub`\ `Details: `[`https://www.kitware.com/blog/home/post/997`](https://www.kitware.com/blog/home/post/997)\ `New utilities in itk::Math: `\ `  AlmostEquals`\ `  NotAlmostEquals`\ `  ExactlyEquals`\ `  NotExactlyEquals`\ `New itk::NumericTraits`\ `  IsInteger`\ `  IsSigned`\ `Improved C++11 support`\ `New ITK_DELETE_FUNCTION macro for “=delete”`\ `New ITK_NOEXCEPT macro for the “noexcept” keyword`\ `Improved capabilities of itk::ResourceProbe and itk::ResourceProbesCollectorBase`\ `Improve numerical stability in VNL eigen system estimation`\ `itksys_ios:: and itksys_stl:: have been remove (use std::)`\ `ImageIO and TransformIO classes only get registered once in the object factory`\ `  The use of dynamic_cast with itk::TransformTemplate pointers should be avoided. It can fail on Mac OSX and older Linux systems.` - Filtering Improvements `Generate a FlatStructuringElement from an image`\ `WarpImageFilter support VectorImage’s`\ `ConvertLabelMap supports different LabelMap types`\ `ImageToPathFilter moved from the ITKReview to the ITKPath module`\ `itk::MovingHistogramImageFilter moved to the ITKImageFilterBase module` - Registration Improvements `Point-set registration with time-varying B-splines` - Build Improvements `Module dependencies can now be specified as public / private / compile / test`\ `BUILD_EXAMPLES CMake option is now OFF by default`\ `Option to export all library symbols on Windows:`\ `Details: `[`https://www.kitware.com/blog/home/post/939`](https://www.kitware.com/blog/home/post/939)\ `Expat third party library is now name mangled`\ `Many more modules can be built as shared libraries`\ `KWStyle is automatically built and configured when tests are built` - Performance Improvements `New MetaProgrammingLibrary namespace (itk::mpl) holds members for metaprogramming for compile-time determination of optimal code paths`\ `  itk::mpl::{TrueType,FalseType}`\ `  itk::mpl::{If,Not,And,Or,Xor}`\ `  itk::mpl::EnableIf`\ `  itk::mpl::IsBaseOf`\ `  itk::mpl::IsConvertible`\ `  itk::mpl::IsNumber`\ `  itk::mpl::IsSame`\ `  itk::mpl::PromoteType`\ `Image::GetPixel performance improvements`\ `Many itk::VariableLengthVector performance improvements`\ `AdaptiveHistogramEqualization uses a moving histogram`\ `WarpImageFilter performance improvements` - Documentation Improvements `Updates to the Software Guide, Doxygen, Wiki and Sphinx Examples`\ `ITK Software Guide improvements`\ `  How to use Python wrapping`\ `  How to create an ITK module`\ `  Improvements to segmentation examples`\ `  Expanded Canny edge detection example`\ `  Expanded tree container example`\ `ITK Sphinx Examples improvements`\ `  Python wrapping in the ITK superbuild`\ `  Bootstrap-based HTML rendering`\ `  Python versions of examples`\ `  New examples` - Third Party Library Updates `FFTW updated to latest upstream`\ `Build with recent OpenCV 2 and 3`\ `Build with the latest VTK`\ `PNG update to the latest upstream`\ `KWSys updated to the latest upstream`\ `MINC updated to the latest upstream`\ `SWIG updated to the latest upstream`\ `Third party PNG and MINC are now Git subtrees` - Style improvements -- ITK gets more stylish with every release! `Private copy constructors and operator= use ITK_DELETE_FUNCTION` - Improved code coverage -- we are at 84.9%! - - Lots\* of important bug fixes `Histogram-related outputs may change due to a fix to Histogram interval computation (Change-Id: I2063912edee79422d88125ffd5f7513c31a9e98c)` Changes from v4.9rc03..v4.9.0 ------------------------------------------------------------------------ Bill Hoffman (3): `     COMP: fix 64 bit build warnings with windows auto-export on.`\ `     COMP: work around for VS 2015 optimizer bug causing test failures.`\ `     COMP: work around for VS 2015 optimizer bug causing test failures.` Bradley Lowekamp (1): `     BUG: Fix precision with accumulation and scaling in AdaptiveHistogram` Davis Vigneault (1): `     COMP: Include itkMacro.h in itkTestingMacros.h` Dzenan Zukic (1): `     COMP: fix itkStaticAssert warnings with clang++` Hans Johnson (6): `     COMP: BSD command lines do not have --version`\ `     COMP: Respect CMAKE_CXX_STANDARD during config`\ `     COMP: Clang Override warnings removed`\ `     BUG: Download URL was wrong for macosx`\ `     COMP: The ComputeUpdate function is needed`\ `     COMP: Incomplete solution for operators corrected` Hyun Jae Kang (12): `     COMP: Fixed the compiler error of ITKCommon2TestDriver on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of vnl_test_complex on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of itkTimeProbeTest2`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of VideoSourceTest on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of ITKReviewTestDriver on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of ITKFastMarchingTestDriver's tests on OSX 10.6`\ `     COMP: Fixed the data conversion warning messages of itkResourceProbe`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of ITKStatisticsTestDriver tests on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of itkBinaryShapeOpeningImageFilterTest1`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of test_pow_log on OSX 10.6`\ `     BUG: Fixed the runtime crash of vnl_test_numeric_traits`\ `     BUG: Exclude a test code of ITKLabelMapTestDriver on OSX 10.6` Isaiah Norton (1): `     COMP: fix build with -std=c++11 when ITK/VXL initially configured without` Jon Haitz Legarreta (1): `     BUG: Fix OpenCVBridge bug for two-byte images.` Lucas Gandel (2): `     BUG: Change CMAKE_SOURCE_DIR to CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR`\ `     BUG: Fix multiple external modules wrapping` Martin Michlmayr (1): `     COMP: fixed error `“`Dunno`` ``about`` ``this`` ``gcc`”` for gcc 6` Matthew McCormick (22): `     BUG: Do not perform dynamic_cast in CompositeIOTransformIOHelper.`\ `     COMP: Do not set property on itkhdf5 with ITK_USE_SYSTEM_HDF5.`\ `     DOC: Update the location of the GNUPlot Software Guide scripts.`\ `     DOC: Update the Software Guide repo location in Examples/README.txt.`\ `     COMP: Add export specification for itk::ResourceProbe.`\ `     COMP: Require NO_MODULE with DCMTK find_package.`\ `     COMP: Update CastXML revision for C++14 VS 2015.`\ `     BUG: Fix PythonTransformCoverage test for Python 3.4.`\ `     BUG: Fix PythonExtras test with Python 3.`\ `     BUG: Fix PythonTypemaps tests with Python 3.`\ `     ENH: Do not force shared libraries when wrapping.`\ `     DOC: Update WikiExamples to 2016-10-20`\ `     BUG: BUILD_TESTING should be not advanced.`\ `     COMP: Use enum in itkStaticConstMacro for old GCC.`\ `     BUG: Correct FlatStructuringElement wrapping location.`\ `     BUG: Correct itkStaticConstMacro GCC version comparison operator.`\ `     BUG: Improve GCC detection in itkStaticAssert.h preprocessor macro.`\ `     BUG: Fix OpenCV version check.`\ `     DOC: Update the SphinxExamples Remote Module.`\ `     COMP: Wrap FlatStructuringElement before other classes.`\ `     COMP: Workaround inconsistent OpenCV pre-processor variables.`\ `     COMP: Update CastXML to support wrapping with GCC 6.` Michka Popoff (3): `     ENH: Allow Python 3 wrapping for Glue and Review Modules with VTK 7`\ `     COMP: Re-enable review module for python 3 and older VTK's`\ `     ENH: Use importlib for python 3.4 instead of imp` Nick Tustison (1): `     ENH:  Accommodate epsilon error on left side.` Sean McBride (1): `     DOC: Update some woefully out-of-date GDCM comments, and typos` Seun Odutola (1): `     BUG: Improved itkAnalyzeImageIO to handle case insensitive extensions` Sumedha Singla (3): `     ENH: Fixed the numeric traits for datatypes`\ `     DOC: Added a comment to support the changes in numeric traits datatypes.`\ `     BUG: Invalid memory access of itk::NotAlmostEquals Bug#ITK-3403` Changes from v4.9rc02..v4.9rc03 ------------------------------------------------------------------------ Alexis Girault (1): `     BUG: Implement SetAutoMinimumMaximum in itkScalarImageToHistogramGenerator` Bill Lorensen (1): `     BUG: nifti_read_subregion_image was leaking file pointers` Brad King (7): `     ENH: Teach ITK module macros to support independent header-only modules`\ `     ENH: Add script to import KWIML library source code`\ ``      ENH: Add `ITKKWIML` module to provide external KWIML library ``\ `     ENH: Port TIFF integer types from KWSys to KWIML`\ `     ENH: Port LSM integer types from KWSys to KWIML`\ `     ENH: Port itkIntTypes.h from KWSys to KWIML`\ `     ENH: Drop KWSys FundamentalType component` Bradley Lowekamp (1): `     ENH: Add option to choose scheme for git download` Davis Vigneault (1): `     STYLE: Use cstdlib return macros in ITK examples` Dženan Zukić (3): `     BUG: do not pass 0,0,0 to Versor.Set()`\ `     STYLE: Removing the unused NeighborhoodRadius property`\ `     ENH: Write out transform in DeformableRegistration15` Gert Wollny (1): `     BUG: Remove double-conversion from public interface, use system.` Hyun Jae Kang (8): `     ENH: Create a test for the SpawnThread function ( ITK-3317)`\ `     STYLE: Remove an unnecessary file (-w) from source code`\ `     BUG: Fixed the failed case of itkStdStreamStateSaveTest on OS X 10.8`\ `     BUG: Fixed the failed test case of itkThreadPoolTest on OS X 10.8`\ `     BUG: Fixed a failed test of ITKDistanceMapTestDriver`\ `     BUG: Fixed the failed test VideoSourceTest`\ `     PERF: Improve the performance of a test of ITKRegistrationMethodsv4TestDriver`\ `     COMP: Fixed the compiler error of itkDisplacementFieldToBSplineImageFilterTest` Jean-Christophe Fillion-Robin (25): `     BUG: Build ITKIOTransformHDF5 as shared library. See #3393`\ `     BUG: Build ITKIOTransformMINC as shared library. See #3393`\ `     BUG: Build ITKIOTransformMatlab as shared library. See #3393`\ `     BUG: Build ITKIOTransformInsightLegacy as shared library. See #3393`\ `     STYLE: TransformIOFactory: Remove obsolete declaration. See #3393`\ `     COMP: TransformIOFactory: Add missing ctor/dtor from hxx file. See #3393`\ `     COMP: TransformFileWriter: Remove method `“`OpenStream()`”` without definition`\ `     COMP: TransformFileReaderTemplate: Remove undefined method `“`CreateTransform()`”\ `     ENH: Update ITKIOPhilipsREC to allow static initialization. See #3393`\ `     ENH: Update ITKIOTransformMINC to allow static initialization. See #3393`\ `     COMP: MINC: Fix VS2008 `“`unknown`` ``round`”` build error. See #3393`\ `     COMP: MINC: Fix VS2008 `“`unknown`` ``arpa/inet.h`”` build error. See #3393`\ `     COMP: Configure ENABLE_SHARED into ``.cmake file. See #3393`\ `     COMP: Fix configuration of IOFactory header. See #3393`\ `     STYLE: UseITK: Removed redundant code setting ImageIO factory name. See #3393`\ `     STYLE: UseITK: Re-factor introducing _configure_IOFactoryRegisterManager`\ `     STYLE: UseITK: Set TransformIO factory and module name using convention.`\ `     BUG: Ensure Image IO factories are registered once. See #3393`\ `     BUG: Ensure Transform IO factories are registered once.`\ `     COMP: ITKIOXML: Fix VS11 `“`already`` ``defined`` ``std::string`”` link error. See #3393`\ `     BUG: TransformIO: Implement explicit template instantiation using `“`extern`”`.`\ `     COMP: TransformIO: Fix VS build errors removing extra EXPORT`\ `     COMP: TransformIO: Handle compiler not supporting `“`pragma`` ``diagnostic`”`.`\ `     COMP: TransformIO: TransformFile(Reader|Writer) still need to be exported.`\ `     COMP: TransformIO: Fix explicit instantiation approach` Johan Andruejol (1): `     ENH: Add ITK_RUNTIME_LIBRARY_DIRS for external projects` KWIML Upstream (1): `     KWIML 2015-12-09 (43f9f8d0)` Lucas Gandel (1): `     BUG: PhysicsBasedNonRigidRegistrationMethod test failure on Debian 32bit` Matthew McCormick (16): `     COMP: Fix PointDimension reference in AzimuthElevationToCartesian test.`\ `     STYLE: Improve scoping in AzimuthElevationToCartesian test.`\ `     STYLE: Explicitly mark the ProcessObject methods virtual in SignedMaurer.`\ `     BUG: Do not try to install targets that do not exist when building externally.`\ `     BUG: ITKIOMeta needs a public dependency on ITKMetaIO.`\ `     COMP: Update LesionSizingToolkit for external build and style test failures.`\ `     BUG: Add CMake OpenCV export code to ITKVideoBridgeOpenCV.`\ `     COMP: Improve compatibility with OpenCV 3.`\ `     DOC: Fix class references in StatisticsLabelMapFilter.`\ `     STYLE: Improved readability of itkStatisticsUniqueLabelMapFilterTest1.`\ `     DOC: Correct ReverseOrdering description in ShapeUniqueLabelMapFilter.`\ `     STYLE: Add own copy of GenerateExportHeader`\ `     COMP: Create _TEMPLATE_EXPORT macros.`\ `     COMP: TransformIOBaseTemplate must be explicitly instantiated.`\ `     BUG: Do not use dynamic_cast for DisplacementFieldType in HDF5 test.`\ `     COMP: Do not use string(MAKE_C_IDENTIFIER with CMake < 2.8.12` Max Smolens (1): `     BUG: VoronoiSegmentationRGBImageFilter: add pixel dimension check` Mikhail Isakov (1): `     DOC: correction in DiffusionTensor3D Reconstruction` Ricardo Ortiz (1): `     BUG: Set itkBinaryImageTo*LabelMapFilter foreground/background values` Seun Odutola (1): `     BUG: absolute value of tolerance taken to cater for negative spacing` Shawn Waldon (1): `     COMP: OSX set deployment target when building fftw` Simon Alexander (4): `     STYLE: Change to make git bash on windows happy with the function name`\ `     COMP: fixes for visual studio 2015update1 x86 in release mode`\ `     COMP: fixes for visual studio 2015update1 x86 in release mode`\ `     COMP: fixes for visual studio 2015update1 x86 in release mode` Sreekanth Arikatla (2): `     BUG: Resolved const correctness in itkMatrix.h`\ `     ENH: Fixes the symmetry of AzimuthElevationToCartesianTransform and adds tests` Changes from v4.9rc01..v4.9rc02 ------------------------------------------------------------------------ Bill Lorensen (1): `     BUG: Valgrind detected an invalid read` Davis Vigneault (1): `     STYLE: Address some warnings when running cppcheck` Hyun Jae Kang (2): `     COMP: Fixed a warning message of data-conversion on VS14`\ `     COMP: Update KWStyle to remove format-string warning message` Matthew McCormick (3): `     DOC: Remove invalid wrapping example.`\ `     BUG: Wrap AdaptiveEqualizationHistogram.`\ `     COMP: Ignore Doxygen endcond warning in itkIsConvertible.h.` Seun Odutola (1): `     COMP: Corrected minc2.h path installation from libsrc2/minc2.h to minc2.h` Ziv Yaniv (2): `     BUG: Affine transformation was estimated without sufficient number of points.`\ `     BUG: fixed BSpline initializer crash when reference image not set.` Changes from v4.8.0..v4.9rc01 ------------------------------------------------------------------------ Abhishek Tiwari (1): `     BUG: `“`tmpImageIndex`”` not initialized to 0.` Adam Snyder (1): `     PERF: Reworked MMI Threading using a per-thread buffer` Alexander Leinoff (6): `     ENH: Adds IsInteger and IsSigned to NumericTraits.`\ `     COMP: Doxygen itkMath.h 'OneValue()' could not be resolved.`\ `     ENH: Adds ExactlyEquals and NotExactlyEquals functions to itkMath.h`\ `     COMP: Removes floating-point equality checks`\ `     ENH: COMP: Adds support for complex values to Math::AlmostEquals`\ `     ENH: Updates fftw dependency` Arnaud Gelas (5): `     COMP: fix warning (unused local typedef)`\ `     COMP: simplify ITKVideoBridgeOpenCV dependency`\ `     DOC: add doxgen documentation for BinaryImageToLevelSetImageAdaptor`\ `     ENH: add tests to exercise itk::ThreadedIteratorRangePartitioner`\ `     COMP: fix compilation error with OpenCV2 and OpenCV3` Betsy McPhail (1): `     BUG: Improve buffer alignment in OctreeNode .` Bill Hoffman (2): `     ENH: Use new CMake Windows export symbol dll feature.`\ `     COMP: Put vnl_export.h in the list of sources so it gets installed.` Bill Lorensen (4): `     COMP: VTkGlue linker errors`\ `     BUG: Inappropriate use of AlmostEquals`\ `     ENH: Bump tag for wiki examples`\ `     ENH: Better layout strategy` Brad King (3): `     ENH: Remove use of include `` and itksys_ios::*`\ `     ENH: Remove use of include `` and itksys_stl::*`\ `     ENH: Update CMake Policy settings in Testing/TestExternal project` Bradley Lowekamp (31): `     BUG: Avoid null deference in PrintSelf with default construction`\ `     ENH: Enable base classes for templates of landmark initializer`\ `     STYLE: Use `“`Swap`”` for ITK member name`\ `     BUG: Demonstrate Eigen analysis failure`\ `     BUG: Fix computation of Eigen analysis`\ `     ENH: Update DiscreteHessianGaussian Test baseline`\ `     ENH: Correctly demonstrate float point Eigen failure`\ `     ENH: compile vnl_math_hypot, and use at least double`\ `     ENH: Adding initial update script from used libpng version.`\ `     ENH: removing non-subtree files for itkpng`\ `     ENH: Ported ITK changes for building to subtree merged code`\ `     ENH: Update libpng update script for v1.6.9`\ `     BUG: Use ParameterValueType for computation of landmark affine`\ `     ENH: Wrap LandmarkBasedTransformInitializer`\ `     BUG: Avoid potential exception in itk::Object::UnRegister`\ `     ENH: Update itkpng zlib, configuration, and rename`\ `     ENH: Update itkpng name mangling`\ `     BUG: Use const pointer in Set method for constant ReferenceImage ivar`\ `     BUG: Increase tolerance for PhysicsBasedNonRigidRegistrationMethod`\ `     BUG: Demonstrate side effect on registration due to BSplineScatter change`\ `     ENH: Move MovingHistogramImageFilter base classes to ImageFilterBase`\ `     BUG: Avoid potential exception in itk::Object::UnRegister`\ `     BUG: Avoid null deference in PrintSelf with default construction`\ `     BUG: Use const pointer in Set method for constant ReferenceImage ivar`\ `     ENH: Optimize AdaptiveHistogramEqualization with MovingHistogram base`\ `     COMP: address sign unsigned comparison warning`\ `     COMP: Address signed unsigned comparison warning`\ `     COMP: Address unused member variable and methods in anonymous ns`\ `     BUG: Fix segfault when with empty IsolatedWatershed Threshold range`\ `     BUG: Adjust intensity tolerance for PhysicsBasedNonRigid test`\ `     BUG: Reduce number of targets with MSVC` Davis Vigneault (7): `     DOC: Minor improvements to segmentation examples.`\ `     DOC: Expanded Canny Edge Detection Example`\ `     DOC: Expanded TreeContainer Example`\ `     COMP: Warnings in itkVTKImageExport when compiling with c++11`\ `     COMP: Warnings in FFTW Classes when compiling with c++11`\ `     COMP: Update Git Tag for Subdivision Module`\ `     COMP: Warnings in FFTW Classes when compiling with c++11` Dženan Zukić (1): `     STYLE: better formatting of the `“`usage`”` message` Eugene Prilepin (1): `     BUG: Fix a template name formation in python wrappings` Floris Berendsen (1): `     STYLE: Improve naming conventions in comments.` Hans Johnson (29): `     STYLE: Instrument for FixedParameters typedef`\ `     BUG: Demonstrate DisplacementTransformFailure`\ `     BUG: FixedParameters should be double precision`\ `     STYLE: Minor code style issues for MGHIO`\ `     COMP: Update to version for WikiExamples`\ `     ENH: Update Sphinx for ITK 4.8.0`\ `     ENH: Update MGHIO to be shared lib`\ `     ENH: Provide consistent floating point comparisons`\ `     BUG: Fix MGHIO to fix write failures`\ `     PERF: Remove floating point as sentinal value`\ `     COMP: Const correctness needs to be maintained`\ `     BUG: Preserve backwards compatibility`\ `     DOC: Provide consistent naming in comments`\ `     ENH: Conversion between transform type tolerance`\ `     STYLE: Prefer initialization to assignment`\ `     ENH: Missing ITK_OVERRIDE`\ `     COMP: Need to propagate ITKGDCM`\ `     COMP: Need to propagate ITKGDCM`\ `     COMP: Add missing ITK_OVERRIDE`\ `     STYLE: Minor code style issues for MGHIO`\ `     COMP: Update to version for WikiExamples`\ `     ENH: Update Sphinx for ITK 4.8.0`\ `     ENH: Update MGHIO to be shared lib`\ `     BUG: Fix MGHIO to fix write failures`\ `     ENH: C++11 allows for rigorous =delete`\ `     COMP: Remove unnecessary failing assert test`\ `     ENH: Ignore internal files for the Clion editor`\ `     COMP: Fix VNL compilation for wider C++11 support`\ `     BUG: In configuration test need to mirror code` Hyun Jae Kang (27): `     BUG: Remove std::cout calls from class`\ `     BUG: Avoid an unexpected output of static_cast`\ `     BUG: Update python example codes for ImageRegistration`\ `     BUG: Retrieve the missed wrap file`\ `     BUG: itkVTKImageIO class does not handle blank lines in VTK file header.`\ `     BUG: Fix HDF5 CMake configuration with VS2015`\ `     BUG: Fix a compilation issue on ITK4 with FFTW and shared libraries`\ `     BUG: Fixed older XCode linking error`\ `     ENH: Use CastXML binaries when building with x86_64 Mac OS X`\ `     BUG: Remove std::cout calls from class`\ `     BUG: itkVTKImageIO class does not handle blank lines in VTK file header.`\ `     BUG: Fixed older XCode linking error`\ `     ENH: Add automatic KWStyle build and configuration setup`\ `     COMP: KWStyle shadow, format-nonliteral and autological-compare warning.`\ `     COMP: Fixed the warning messages from itkGPU Module`\ `     COMP: Fixed a warning message of unused-private-field`\ `     COMP: Apply latest version of KWStyle`\ `     COMP: Update KWStyle to fix its additional warning messages`\ `     COMP: Update KWStyle to fix its additional warning messages`\ `     COMP: Fix data-conversion warning messages on Windows`\ `     ENH: Update itkResourceProbe to calculate statistical data`\ `     COMP: Fix data-conversion warning messages on VS14`\ `     COMP: Fixed 'std::sqrt' : ambiguous call to overloaded function`\ `     ENH: Update the Report() function of itkResourceProbesCollectorBase`\ `     COMP: Fix data-conversion warning message on itkResourceProbe`\ `     COMP: Fix additional warning messages of KWStyle`\ `     COMP: Fix data-conversion warning messages` Jon Haitz Legarreta (6): `     ENH: Add test for itkStatisticsUniqueLabelMapFilter`\ `     BUG: Fix compilation issues for StatisticsUniqueLabelMapFilterTest`\ `     BUG: Fix comparison issues for itkStatisticsUniqueLabelMapFilter`\ `     BUG: Test for StatisticsUniqueLabelMapFilter stability`\ `     ENH: Add test for itkParametricStpaceToImageSpaceFilter`\ `     ENH: Improve code coverage for itkParametricSpaceToImageSpaceMeshFilter` Julien Michel (1): `     ENH: Support of VectorImage as template parameters for WarpImageFilter` Junjie Bai (2): `     BUG: ConvertLabelMap with different LabelMapTypes`\ `     BUG: LabelObject CopyAttribute support different LabelObject type` KWSys Robot (4): `     KWSys 2015-07-10 (c9336bcf)`\ `     KWSys 2015-07-30 (f63febb7)`\ `     KWSys 2015-08-24 (cdaf522c)`\ `     KWSys 2015-08-28 (dc3fdd7f)` LIBPNG Upstream (2): `     PNG 2009-04-06 (e68f5a36)`\ `     PNG 2014-02-05 (3e753eb8)` Laurentiu Nicola (2): `     PERF: Avoid temporary smartptr in ProcessObject::GetInput`\ `     PERF: Optimize WarpImageFilter by avoiding refcount bouncing` Luc Hermitte (8): `     PERF: itk::Image::GetPixel() performance improvment.`\ `     PERF: Performance enhancements on VariableLengthVectors 1/...`\ `     ENH: Dependencies on itkVariableLengthVector.h reduced`\ `     BUG: Error in VariableLengthVector Unit Tests`\ `     PERF: Performance enhancements on VLV 2/...`\ `     PERF: Performances enhancements on VLV 3/...`\ `     COMP: Fix signed/unsigned warnings`\ `     BUG: std::copy/fill on empty VLV` Lucas Gandel (4): `     ENH: Move ImageToPathFilter from ITKReview to ITKPath module.`\ `     BUG: Fixing ImageToPathFilter wrapping call from Review Module`\ `     STYLE: Fix KWStyle dashboard errors`\ `     BUG: Fix external module BUILD_SHARED_LIBS status` Mathieu Malaterre (1): `     BUG: Name mangle the included expat third party library.` Matthew McCormick (94): `     ENH: Change itkSystemInformationTest to itkCMakeConfigurationTest.`\ `     ENH: Add AnisotropicDiffusionLBR Remote Module.`\ `     ENH: Bump ITK version to 4.9.0.`\ `     BUG: Remove std::cout calls from classes.`\ `     COMP: Remove unused argument in ConditionVariableNoThreads.`\ `     BUG: Implement UpdateLargestPossibleRegion for ImageToVTKImageFilter.`\ `     COMP: Add link interface specification for wrapping target_link_libraries.`\ `     STYLE: Fix indentation in itkMINCTransformIOFactory.cxx.`\ `     COMP: Fix MINCTransformIO factory registration.`\ `     COMP: Add -D_LARGEFILE64_SOURCE for HDF5 with Emscripten-1.`\ `     COMP: Remove unknown doxygen command in AnisotropicDiffusionLBR.`\ `     BUG: Initialize mutex for 32 bit AtomicInt.`\ `     ENH: Use CastXML binaries when building with x86_64 Linux.`\ `     STYLE: Rename gccxml -> castxml in {idx,igenerator}.py.`\ `     COMP: Disable the gold linker for static builds on Ubuntu 14.04.`\ `     ENH: Use Windows binaries for CastXML.`\ `     ENH: Add better scoping in igenerator.py.`\ `     BUG: Fix CMAKE_BUILD_TYPE initialization with Ninja + MSVC.`\ `     BUG: LevelSetsv4 used signed char instead of char.`\ `     ENH: Add better scoping to idx.py.`\ `     COMP: Define newSize and oldSize in VariableLengthVector.`\ `     STYLE: Use prefix increment operator in ImageBase.`\ `     DOC: Correct spelling of Continuous.`\ `     ENH: Add more progress information to IterativeClosestPoint2.`\ `     BUG: Build BridgeNumPy with Visual Studio.`\ `     ENH: Add ITKModuleExternal.cmake`\ `     COMP: Wrap Image< bool, D > for FlatStructuringElement.`\ `     BUG: Use CastXML binary built in Release.`\ `     BUG: ContinuousIndex should not be templated over TCoordRep.`\ `     COMP: Set CMP0054 to new.`\ `     COMP: Address line length too long for Software Guide.`\ `     COMP: Fix CannyEdgeDetectionImageFilter.cxx types.`\ `     BUG: Support Python 3 wrapping module initialization.`\ `     BUG: Update itkTemplate.py for Python 3.`\ `     BUG: Update itkExtras.py for Python 3.`\ `     BUG: Prevent Python callback addition recursion.`\ `     BUG: Fix test scripts for Python 3.`\ `     BUG: Replace __GCCXML__ with CABLE_CONFIGURATION.`\ `     ENH: Allow projects to build against an external module.`\ `     ENH: Replace CABLE_CONFIGURATION with ITK_WRAPPING_PARSER.`\ `     ENH: Rename _cable_ to _wrappers_.`\ `     BUG: Replace __GCCXML__ with CABLE_CONFIGURATION.`\ `     BUG: Define ITK_WRAPPING_PARSER when wrapping.`\ `     COMP: Do not use C++11 alignas in itkAlignedTypedef.`\ `     ENH: Bump CMakeLists.txt version to 4.8.1.`\ `     BUG: Pass the CMAKE_CXX_FLAGS to castxml.`\ `     ENH: Bump CastXML version to 2015-30-29.`\ `     ENH: Bump LLVM / Clang to 3.7.0.`\ `     COMP: Avoid itklibminc linking with ITK_USE_SYSTEM_HDF5.`\ `     COMP: Add missing ITKIOImageBase dependency for ITKTransformMINC.`\ `     COMP: Use itkSimpleNewMacro in ThreadedIteratorRangePartitionerTest.`\ `     ENH: Add wrapping support for building modules externally.`\ `     BUG: Fix KWStyle test paths when building a module externally.`\ `     ENH: Add Cuberille Remote module.`\ `     COMP: Remove carriage returns from Cuberille remote.`\ `     COMP: Remove unused argument in ConditionVariableNoThreads.`\ `     DOC: Correct spelling of Continuous.`\ `     ENH: Bump the MinimalPathExtraction Remote to 2015-10-20.`\ `     COMP: Fix KernelTransform SetFixedParameters argument type.`\ `     STYLE: Use prefix increment operator in ImageBase.`\ `     COMP: Use ITK's pygccxml by correctly setting up the sys.path`\ `     Revert `“`COMP:`` ``Put`` ``vnl_export.h`` ``in`` ``the`` ``list`` ``of`` ``sources`` ``so`` ``it`` ``gets`` ``installed.`”\ `     BUG: Revert `“`BUG:`` ``ConvertLabelMap`` ``with`` ``different`` ``LabelMapTypes`”\ `     ENH: Marking wrapping CMake configuration variables as advanced.`\ `     STYLE: Rename CASTXML to CASTXML_EXECUTABLE.`\ `     COMP: Non-virtual copy attribute members in LabelMap cannot have override.`\ `     COMP: Add wrapping for AdaptiveHistogramEqualizationImageFilter.`\ `     COMP: Add itkMacro.h to itkPromoteType.h for ITK_EXCEPT.`\ `     ENH: Remove CMake version check in ITKModuleHeaderTest.cmake`\ `     BUG: Improve KWStyle ExternalProject utilization.`\ `     ENH: Remove old KWStyle build script.`\ `     COMP: Address VariableLengthVector Doxygen rhs @param not found.`\ `     ENH: Rename WRAPPING_LIBRARY_GROUPS to WRAPPING_SUBMODULE_ORDER.`\ `     ENH: Install Python bindings into site-packages.`\ `     ENH: Improve readability of Python site-packages path detection.`\ `     COMP: DiscreteGaussianDerivativeImageFilter unsigned expression warning.`\ `     BUG: ITKCommon publically depends on ITKDoubleConversion.`\ `     COMP: Improve scoping in CovariantVectorGeometryTest.`\ `     ENH: Improves names and export of module dependencies.`\ `     STYLE: Improve namespace bracket style in itkIsConvertible.`\ `     COMP: Set CMP0054 to new.`\ `     BUG: Remove unused wrapping files.`\ `     BUG: Do install install wrapping development files.`\ `     ENH: Add WRAP_ITK_INSTALL_COMPONENT_IDENTIFIER.`\ `     BUG: Remove duplicate inclusion of wrapping submodules.`\ `     COMP: Do not use C++ style comments for Doxygen cond.`\ `     BUG: Fix detection of the gold linker.`\ `     BUG: Update Python package installation locations.`\ `     ENH: Bump CMakeLists.txt version to 4.8.2.`\ `     ENH: Change BUILD_EXAMPLES default to OFF.`\ `     BUG: Use 'from itk import ITKCommon' in module2module test.`\ `     COMP: Link to VTK Python when built with Kits support.`\ `     BUG: Install itk_minc2.h header.`\ `     COMP: ITKIOMINC has a public dependency on ITKIOImageBase.` Michka Popoff (9): `     ENH: Update to swig 3.0.7`\ `     ENH: Do not link against specific Python library on OS X`\ `     COMP: Fix wrapping warnings when building with ITK_WRAP_IMAGE_DIMS=2`\ `     COMP: Add missing wrapping for TransformBase`\ `     COMP: Use ITK's pygccxml by correctly setting up the sys.path`\ `     COMP: Disable incompatible modules when using Python 3 wrapping`\ `     COMP: Move MovingHistogramImageFilterBase wrapping to ImageFilterBase module`\ `     COMP: Disable incompatible modules when using Python 3 wrapping`\ `     ENH: Allow operations on Indexes and Offsets in Python` Mikhail Isakov (1): `     BUG: DiffusionTensor3DReconstruction segfault if no baseline image` Nick Tustison (5): `     BUG:  Set a default b-spline epsilon.`\ `     ENH: Adding testing for closed loop.`\ `     BUG:  Updating B-spline classes with the same epsilon strategy.`\ `     PERF:  Switch vnl_vectors for fixed arrays.`\ `     ENH:  Point-set registration with time-varying B-spline.` Olivier Commowick (3): `     BUG: Correct discrepancy in tridiagonal reduction wrt VNL eigen system`\ `     BUG: Correct under/overflows in vnl_math_hypot (taken from pythag from V3P)`\ `     BUG: Switch eigenvalues computation to double` Pablo Hernandez-Cerdan (2): `     ENH: Help class for itkFlatStructuringElement with constructor from images.`\ `     COMP: Fix test errors and warnings in FlatStructuringElement.` Seun Odutola (1): `     COMP: Fixed name clash with Apple header (check Macro), renamed check to Check` Shawn Waldon (1): `     COMP: Set target OS X version in environment for tools using compiler` Simon Alexander (1): `     BUG: incorrect closest point computation` Tobias Wood (2): `     BUG: LBFGSB was printing messages even with debug switched off.`\ `     BUG: Removed an unguarded print statement.` Vladimir S. FONOV (9): `     BUG: Missing ITKIOMINC_EXPORT on __Private()`\ `     COMP: Changing the order of HDF5 library components`\ `     COMP: Splitting up IOMINC module into two parts: MINC and Transform`\ `     STYLE: updated comments to properly reference LIBMINC`\ `     ENH: Add script to merge upstream MINC as a subtree`\ `     MINC 2015-07-23 (c033d431)`\ `     COMP: Update MINC CMake code`\ `     MINC 2015-08-18 (6d7e3ba8)`\ `     MINC 2015-09-13 (95cd5374)` Xiaoxiao Liu (1): `     DOC: update email address for xiaoxiao.` Zach Williamson (10): `     BUG: Use correct libraries for ImageFusion tests`\ `     ENH: Consolidate Library Dependencies`\ `     COMP: Add a missing link to Review module`\ `     COMP: Use correct linking macro in DCMTK`\ `     BUG: Use correct libraries for TestKernel tests`\ `     COMP: Fix inconsistant naming of GPUPDEDeformableRegistration`\ `     ENH: Use new linking system macros`\ `     PERF: Avoid searching private dependencies for include directories`\ `     COMP: Recover missing dependencies`\ `     ENH: use new linking macros in Filtering module` ITK Sphinx Examples Changelog ------------------------------------------------------------------------ Brad King (1): `     ENH: Remove use of itksys_ios::*` Dženan Zukić (1): `     ENH: Avoid warning window when the directory does not contain any DICOM series` Hans Johnson (1): `     BUG: FixedParameters different from Parameters` Matt McCormick (38): `     ENH: Bump ITK ExternalProject to v4.8.0.`\ `     COMP: Do not try to add html files twice to the tarballs.`\ `     BUG: Turn off ITK modules when superbuild options are disabled.`\ `     DOC: Consistently refer to source directory in length warning.`\ `     BUG: Use os.path.sep for CreateNewExample.py on both Unix and Windows.`\ `     ENH: Use a StringIO for the headers content in CreateNewExample.`\ `     ENH: Make CreateNewExample compatible with Python 3.`\ `     ENH: Enable BridgeNumPy in the Superbuild when NumPy available.`\ `     ENH: Silence gitstats execution.`\ `     ENH: Add sphinx-bootstrap-theme submodule.`\ `     ENH: Update ITK ExternalProject to 4.9rc02.`\ `     COMP: Support OpenCV 3.0.0.`\ `     BUG: Pass the Sphinx output components in the superbuild.`\ `     BUG: Work around epub output filename irregularity.`\ `     ENH: Use side-by-side images in Binary Mathematical Morphology.`\ `     ENH: Use all caps in Binary Mathematical Morphology examples.`\ `     ENH: Move the Download button location.`\ `     BUG: Rename CreateAnApplyCustomColormap -> CreateACustomColorMap.`\ `     ENH: Use note directive in CreateACustomColorMap.`\ `     ENH: Move ITkExampleMacros.cmake into the CMake/ directory.`\ `     STYLE: Use more standard spacing in ITKExamplesMacros.cmake.`\ `     DOC: Improve TryCatchException result rendering and synopsis.`\ `     DOC: Update the Download page image for the bootstrap layout.`\ `     ENH: Use presence of Code.py to create Python baseline comparison tests.`\ `     DOC: Fix ComputeTimeBetweenPoints output rendering.`\ `     ENH: Add Python version of ComputeTimeBetweenPoints.`\ `     ENH: Demonstrate Report() in ComputeTimeBetweenPoints.`\ `     ENH: Add Python superbuild.`\ `     COMP: Fix type of Sphinx output variables.`\ `     BUG: Ensure that the JavaScript files get copied to HTML output.`\ `     COMP: Fix ConceptCheckingIsFloatingPoint index entry.`\ `     BUG: Avoid system installation without superbuild Python.`\ `     COMP: Find ITKExamplesMacros.cmake when build as a Remote Module.`\ `     COMP: Support OpenCV 3 in ConvertAnITKGrayScaleImageToCVMat.`\ `     COMP: Support double typed FixedParameters in ITK 4.9.0`\ `     BUG: Do not run Python comparison tests without ITK_WRAP_PYTHON.`\ `     BUG: Correct CreateACustomColorMapTestPython test name.`\ `     ENH: Bump ITK ExternalProject to 4.9.0.` Michka Popoff (4): `     ENH: Add ImageRegistration1 example`\ `     COMP: Fix images in 2D Translation Registration`\ `     ENH: Add AddOffsetToIndex Python example`\ `     ENH: Add missing licence headers and hide headers in doc` ITK Software Guide Changelog ------------------------------------------------------------------------ Matt McCormick (9): `     COMP: Address missing bracket and backslash escapes.`\ `     BUG: Fix backslash specification in Windows PATH.`\ `     DOC: Recommend the Release build configuration when wrapping.`\ `     DOC: Document .GetTypes and Python type conversion.`\ `     DOC: Add chapter on how to create a module.`\ `     COMP: Do not set PYTHONCXXPARSER with find_program.`\ `     ENH: Update ITK ExternalProject to v4.9rc01.`\ `     DOC: Corrections to formatting of wrapping content.`\ `     ENH: Bump ITK ExternalProject version to v4.9.0.`